在朱载坖点用了两名阁臣之后，朝廷之上的这些波澜才算是安定下来，进入了正常的程序中，虽然现在申时行作为后起之秀，风头很劲，但是大家也都看出来了，张居正在朱载坖的心目中地位仍旧是不可撼动的，在可以预见的时间内，张居正的地位是不可撼动的，申时行要想取代张居正，时间还早着呢。
朝廷回归正轨之后，朱载坖首先要求新任吏部尚书杨巍将大明内外官吏进行统计，同时对于大明的督抚辖区进行重新规划，按照之前朝廷的规划，大明共有顺天、南直、辽东、山西、陕西、延绥、四川、云南、贵州、缅甸、广西、广东、福建、浙江、江西、湖南、湖北、山东一共十八名巡抚。
除了巡抚之外，还有蓟辽、宣大、三边、中南、两广、湖广、浙直、河道八名总督，除了河道总督是专司黄河水利之外，剩余的都是有固定辖区的总督，对于这些督抚的辖区和职权，朱载坖认为要加以细化，确定各自的辖区，执掌，而对于这些督抚们辖区，朱载坖首先提出来的就是南直巡抚和浙直总督。
事实上早就有官员提出过此事，朝廷在南直隶的统治机构过于繁琐，从督师南京大学士到浙直总督然后是南直隶巡抚，朝廷在南直隶所设立的督抚过于密集，有些时候对于朝廷的管理并不方便。
归根到底，还是南直隶太过于广大了，设巡抚不好管理，设总督似乎又不太够格，之前为了军务的方便，将南直和浙江划到一起管理，但是这两省都是事务及其繁杂的地方，浙直总督权柄过重，所以屡有兴废，朱载坖这次在和内阁、吏部商量之后，决定罢浙直总督和南直隶巡抚。
对于南直隶，朝廷将其划分为两个巡抚管理，一是凤阳巡抚，驻节中都凤阳府，辖凤阳府、庐州府、安庆府、太平府、池州府、宁国府、徽州府和直隶滁州、和州、广德州。
二是苏松巡抚，驻节苏州府，辖应天府、镇江府、淮安府、扬州府、常州府、苏州府、松江府和直隶太仓州、上海州、徐州。
苏松巡抚和凤阳巡抚直接对督师南京大学士负责，受其管理，这样简化朝廷在南直隶的统治层级，裁减多余官署和不必要的行政层级，同时由于现在大明海上贸易发达，浙江和福建的地位相对上升，为了加强朝廷对于闽浙两地的控制，经略夷洲，朱载坖决定设立闽浙总督，以右都御史兼兵部尚书总督福建、浙江、夷洲等处地方提督水陆军务、粮饷、管理河道。
经过梳理之后，朝廷在东南理顺了行政层级，最高的军政官员自然是督师南京大学士，这是朝廷设置在东南的最高军政长官，是内阁的外差，直接负责朝廷在东南的一应战守之策，是朝廷的方面大员。
在督师南京大学士之下，就是总督、巡抚等方面之臣和朝廷的专门重臣了，对督师南京大学士负责有闽浙总督、提督操江都御史、东南发运使、凤阳巡抚、苏松巡抚、浙江巡抚、福建巡抚，当然和这些高级文官一道调整的还有朝廷在此地的兵防军事系统。
朱载坖在和练兵军务处、五军都督府、兵部商量之后，重新调整了朝廷在整个东南的兵防体系，按照新调整的东南兵防体系，朝廷在东南共设立中都留守司、南都留守司、浙江都司、福建都司四个都司级衙门，负责整个东南的卫所及班操京军的管理。
而在东南的镇协官军，则是由南京守备所统帅的南京京营、苏松镇总兵、凤阳镇总兵、浙江镇总兵、福建镇总兵、提督操江军务、东海水师、苏松镇水师、浙江镇水师、福建朕水师所组成，朝廷在东南一共有最高的军官则是南京守备，负责整个东南的兵防。
在南京守备之下，则是四位提督，提督操江军务总兵官，负责江防和水路运输；提督东海水师军务事总兵官，负责东海的远洋防卫；提督南直水路军务事总兵官，下辖苏松镇总兵、凤阳镇总兵和苏松水师总兵，负责整个南直隶的水陆防卫；提督闽浙水陆军务事总兵官，下辖浙江镇总兵、浙江水师总兵、福建镇总兵、福建水师总兵，负责整个闽浙的水陆防卫。
除了在东南理顺朝廷的行政和兵防体系之外，张居正还奏请对于西南，缅甸等地的行政、兵防体系予以调整，因为这些地方土司、蛮夷众多，再加上缅甸是新开辟的疆土，张居正认为，要重新调整缅甸、云南、贵州的行政与兵防体系，以适应形势的变化。
云南、贵州土司众多，地形复杂，为了日后朝廷的改土归流能够顺利实施，应当设立云贵总督，专门负责弹压土司，改土归流之事，将云南从中南总督的辖区中剥离开来。
而中南总督的辖区调整为缅甸布政使司、暹罗、占城、安南都统司、满剌加国、满剌加外府，主要负责经略整个中南半岛和与两广总督一道经略南洋和安南，这样的话，云贵总督成为内地，主要负责土司和改土归流的相关事宜，中南总督则是边镇，负责管理缅甸和大明在中南半岛上的这些属官、外府等，成为大明经略南洋的重要据点。
除此之外，由于河套已经收复，为了巩固朝廷在河套的控制，决定设立宁夏巡抚，专门负责朝廷在宁夏诸卫和河套地区的屯田、兵防等事情，使得宁夏成为朝廷日后西征的重要支点。
对于总督、巡抚以及相应的兵防体系予以重新调整之后，朱载坖命令在整个大明实施大规模的普查，这次的普查主要针对的是官府，朱载坖和内阁要求各督抚、提督、总兵以及州县官员，对于大明所有官吏、书手、皂吏和官军士卒予以统计，得知朝廷现在有多少官吏、多少士卒。