在安定国内的同时，万历也密切关注着辽东的动向。
辽东女真，努尔哈赤已建“后金”，虽仅占抚顺等几座重镇，尚未成大气候，然其狼子野心，已显露无遗。
万历眼中闪过一丝寒光，暗誓：“女真小丑，焉敢觊觎我大明江山？朕既知后世惨祸，绝不让此贼得逞！”他整顿朝政，平息国本之争，肃清吏治，安定民心，军务振奋，宦官受抑，紫禁城内气象一新。
同时他也心知，内政虽稳，边关不固，大明仍危如累卵。
手机中萨尔浒之战的惨败景象，辽东尽失的悲剧，让他心如刀绞。
他翻阅《诸天治国简录》，见永乐帝火器之术与戚继光练兵之法，灵光一闪，决心以雷霆之势，剿灭后金，永绝后患。
雷霆出兵，剑指辽东万历四十五年二月，紫禁城内，文华殿灯火通明。
万历召集内阁首辅方从哲、兵部尚书黄嘉善、工部侍郎徐光启等重臣，商议辽东军务。
他将手机置于御案，屏幕上《火器初阶指南》与戚继光练兵之法的txt文档清晰可见。
万历沉声道：“女真努尔哈赤，建国称‘后金’，劫掠抚顺，野心勃勃。
朕意已决，集大明精锐，剿灭此贼，永固辽东！诸卿有何良策？”黄嘉善叩首：“陛下，辽东军备废弛，士卒老弱，军饷拖欠，难以克敌。
然陛下整顿吏治，国库渐充，若拨银练兵，补足军饷，或可一战！”
徐光启进言：“臣督造火器，已有新式火铳试制成功，威力远胜旧式。
若以此装备京营，辅以戚继光练兵之法，定能克制女真铁骑！”
万历点头，目光如炬：“好！黄卿，即刻整顿京营，精选十万精锐，补足军饷，严加训练！徐卿，加速火器制造，三个月内，朕要见火器营成军！”
他又翻阅手机中的史书，见后金虽建国，然兵力不过数万，部落联合尚不稳固，远非后世清军的强盛。
万历冷笑：“努尔哈赤，区区蛮夷，焉能与大明争锋？朕要以雷霆之势，灭其根基！”
他下旨，命蓟辽总督杨镐为经略，熊廷弼为辽东巡抚，统领十万大军，携新式火器，挥师辽东，誓要收复抚顺，剿灭后金。
军务振奋，士气如虹万历整顿吏治后，国库银两充盈，拖欠的军饷尽数补发，京营士卒士气大振。
他亲临校场，检阅新军，见士兵身披精甲，手持新式火铳，队列整齐，军容肃然，颇有永乐朝神机营之风。
万历高坐点将台，朗声道：“尔等乃大明精锐，肩负社稷安危！女真鞑子，胆敢犯边，朕命尔等剿灭之，扬我大明天威！”
将士齐呼：“陛下圣明！誓灭女真！”声震云霄。
徐光启督造的火器营，装备新式火铳与火炮，射程远、威力大，较之女真的弓箭与铁骑，大占优势。
熊廷弼依戚继光练兵之法，重塑军纪，裁撤老弱，精选壮丁，每日操练车战、步战、火器配合之术。
万历又命户部拨银百万两，确保粮草充足，军心稳固。
他翻阅手机中下载的《明史》，见萨尔浒之战因粮草不济、指挥失当而败，心有余悸，特命锦衣卫随军监督，凡克扣军饷、延误军机者，立斩不赦。
挥师辽东，雷霆一击万历四十五年五月，大明十万大军自京师开拔，浩浩荡荡奔赴辽东。
熊廷弼为先锋，杨镐坐镇中军，徐光启随军督造火器，另有锦衣卫监军，确保军令如山。
万历亲自送军出京，赐御酒壮行，叮嘱道：“女真虽小，然狡诈善战，尔等切不可轻敌！火器为先，步步为营，务必一战定辽东！”
熊廷弼叩首：“臣定不负陛下所托！”大军抵达辽东，熊廷弼依《诸天治国简录》中的兵法，采取稳扎稳打之策，先收复抚顺外围小镇，修筑堡垒，囤积粮草。
努尔哈赤闻大明大军压境，召集诸贝勒商议。
皇太极皱眉：“大明此番来势汹汹，兵精将勇，火器犀利，非昔日可比！”
努尔哈赤冷笑：“大明腐朽，焉能一朝翻身？传令，集结三万铁骑，迎战抚顺！”
他自恃女真铁骑骁勇，欲以快打慢，速战速决。
六月，抚顺城外，两军对峙。
大明军列阵以待，火器营居中，步兵护翼，骑兵游弋。
熊廷弼布下车阵，火铳手与火炮手严阵以待。
女真铁骑来袭，弓箭如雨，然大明火器营齐射，火光冲天，铅弹如暴雨倾泻，女真前锋瞬间崩溃。
火炮轰鸣，硝烟弥漫，女真铁骑死伤惨重，阵型大乱。
熊廷弼挥旗，步兵突进，骑兵包抄，女真军溃不成军，努尔哈赤仓皇撤退，抚顺一战，大明大获全胜。
迎战不过一日，抚顺收复，军心大振。
万历闻捷报，龙颜大悦，亲笔御批，重赏熊廷弼，徐光启加封工部尚书。
熊廷弼乘胜追击，挥师开原，女真守军闻风丧胆，未战先降。
万历见后金此时不过部落联合，内部不稳，认为一举剿灭，方可永绝后患！
他命熊廷弼继续进兵，收复铁岭，修筑防线，屯兵驻守。
徐光启督造的火器源源不断运往辽东，新式火铳装备全军，威力震慑女真部落。
努尔哈赤连战连败，部下离心，诸贝勒暗生异志。
皇太极进言：“父汗，大明火器犀利，我军不可硬拼，宜暂避锋芒！”努尔哈赤怒道：“避？本汗岂能向大明低头！”然接连败绩，让他威信大损，后金内部暗流涌动。
辽东连战连捷，捷报频传京师，朝野振奋。
万历亲临太庙，祭告祖宗：“朕痛改前非，励精图治，灭女真，固江山，祖宗有灵，定当护佑大明！”
百姓闻军功，奔走相告，京师街头，茶肆酒楼间，议论纷纷：“陛下圣明，灭女真，保社稷，大明中兴有望！”民心归附，国势日盛。
同时万历命徐光启加紧火器研发，计划在辽东设火器厂，源源不断供应前线。
他又下旨，命熊廷弼招抚女真降部，瓦解后金联盟，恩威并施，务使辽东永固。