戴安娜传来消息，十二个孩子已秘密抵达维多顿小溪周边，11号、凯伦与塞西莉亚随即伪装成农业研究团队，搭乘货运飞机从孟买出发，经停纽约。他们将冷冻枪拆解藏进精密仪器箱，改良血清伪装成蜂蜜样本保存液，塞西莉亚还带着阿米尔破译的“蜂巢计划”数据芯片，准备前往目的地。
在纽约转机时，阮文雄的眼线对他们进行盘查。11号利用机场广播制造混乱，凯伦用破冰斧组件划伤眼线手臂，11号趁机在伤口涂抹致幻药膏，让眼线产生“被孢子感染”的错觉后惊慌逃离。此时，11号通过加密通讯得知男孩马克斯在维多顿小溪附近发现可疑蜂巢活动，并收到其共享的坐标。与此同时，塞西莉亚发现货运单上的蜂蜜收货地址正是维多顿小溪，确认阮文雄借合法贸易掩盖病毒运输，而女孩艾拉远程协助破解货运单隐藏信息，为众人提供了关键线索。
抵达维多顿小溪后，三人各自展开伪装行动。11号扮成养蜂设备推销员“杰克”，随身携带藏有微型冷冻枪和麻醉剂的改装蜂箱，蓄起络腮胡并贴上假雀斑。与当地养蜂人交流时，偶遇正在大树上侦查地形的莱昂，后者为他提供了废弃教堂周边的隐秘路径。凯伦伪装成蜂蜜品鉴师“露易丝”，将破冰斧伪装成蜂蜜切割刀，通过参加蜂蜜节活动接近居民。女孩阿雅主动协助凯伦组织活动，实则暗中观察人群动向。塞西莉亚则以昆虫学家身份调查“异常死亡蜜蜂”，试图检测蜜蜂体内的病毒载体。在此过程中，女孩莉娅天真的提问，意外启发塞西莉亚发现蜜蜂翅膀上的荧光斑点与病毒有关。
众人还深入了解了当地文化。维多顿小溪以养蜂业为主，每年举办“蜜蜂女王节”，居民佩戴蜂巢形状的银饰，笃信蜜蜂是神的使者。男孩泰隆发现部分银饰暗藏微型监控设备。此外，当地流传“蜂巢诅咒”传说，女孩玛雅利用树枝和树脂制作假蜂巢道具，为后续行动提供伪装帮助。
通过一系列行动，他们成功锁定目标人物。伊莱·坎贝尔表面是小镇最大蜂蜜企业“金蜂巢”的cEo，实则是阮文雄的童年好友，负责“蜂巢计划”，其左手戴着内置病毒注射装置的蜂后造型机械义肢。玛吉·林德作为伊莱的秘书，曾是护士，协助进行活体实验，随身携带含病毒的蜂毒注射器。11号用掺有追踪剂的蜂蜜从养蜂人处换取情报，得知伊莱的私人蜂巢位于废弃教堂地下，男孩伊桑则利用机械专长改装无人机，协助进行地形侦查。凯伦在蜂蜜品鉴会上故意打翻伊莱的特制蜂蜜，发现其中混有抑制人体痛觉的病毒分泌物，女孩露娜也敏锐察觉因品尝蜂蜜身体不适的居民出现类似病毒感染的症状。
行动当晚，11号趁雨夜潜入废弃教堂，用冷冻枪冻结警报系统，通过通风管道进入地下实验室，看到墙壁布满发光的紫色蜂巢，巢内封存着与蜂巢组织融合的昏迷实验者。迪伦在教堂外围警戒，搬运重物设置路障。塞西莉亚破解门禁系统时，发现伊莱的工作日志显示第37号实验体即将变异。佐伊主动在实验室外围放哨。凯伦在小镇广播站播放变声处理的“蜂巢诅咒”录音引发居民恐慌，11号趁机释放携带麻醉剂的蜜蜂，使伊莱和玛吉陷入幻觉。十二个小孩默契配合，在小镇各处制造混乱。11号将伊莱的机械义肢调整为自毁模式，伪造其“因诅咒自杀”的现场，玛吉也在幻觉中用蜂毒注射器自尽。撤离时，11号发现冷冻舱里沉睡着阮文雄的克隆体，玛雅制作的假蜂巢道具成功迷惑安保系统，帮助团队顺利撤离。塞西莉亚检测发现实验者体内的病毒在低温下会加速变异，此时马克斯再次传来情报，阮文雄的运输车队正朝北极方向集结。
最终，三人搭乘改装农用飞机逃离，凯伦提取到未知的抗冻病毒基因片段，十二个小孩也在戴安娜的安排下前往新据点待命。戴安娜的全息投影显现，揭示阮文雄在北极海安布罗斯岛冰层下建造了终极病毒库，实验体以冬眠状态培育病毒。11号握紧从伊莱身上取下的蜂后吊坠，吊坠显示安布罗斯岛入口信息，远处极光中蜂群组成的紫色光带，预示着众人将在北极冰原迎来更严峻的战斗 。