魔人布欧的危机看似平息，但宇宙的暗流却愈发汹涌。在战斗中，悟拉（悟天与布拉融合体）释放的超·粉蓝毁灭风暴意外撕开了空间裂缝，导致一种名为“混沌孢子”的邪恶物质泄漏。这些孢子如同瘟疫般迅速扩散，接触到的星球植被瞬间黑化，生物变异成丧失理智的怪物。
银河巡逻队将矛头直指悟天和特兰克斯。“就是他们滥用危险力量，才导致这场灾难！”巡逻队指挥官的声音在宇宙广播中回荡，“现对孙悟天、特兰克斯发布A级通缉令，任何包庇者都将视为同罪！”通缉令附带的全息影像里，悟拉战斗时的画面被恶意剪辑，凸显出力量失控的破坏力。
地球陷入了前所未有的分裂。一部分民众将悟天和特兰克斯奉为拯救世界的英雄，在撒旦市街头高举“战士无罪”的标语；另一部分幸存者则被恐惧支配，他们聚集在政府大楼前抗议：“把危险分子交出去！”布尔玛看着电视上的骚乱画面，攥紧了拳头：“这是有人故意陷害！那些孢子分明是暗影之王的阴谋！”
悟天和特兰克斯躲在胶囊公司的地下密室。特兰克斯握着光剑的手青筋暴起：“明明是为了保护大家……”他的声音哽咽，想起父亲贝吉塔牺牲的场景，“现在却要被当成罪人？”悟天咬着嘴唇，粉色气焰不受控制地闪烁：“我们不能躲在这里！要证明自己的清白！”
两人趁夜偷偷离开地球，决定追查混沌孢子的源头。他们的第一站是最早出现感染症状的“绿星”。曾经生机盎然的星球如今被黑色藤蔓覆盖，变异生物发出令人毛骨悚然的嘶吼。特兰克斯挥剑砍断缠来的藤蔓，却发现伤口处涌出的汁液竟能腐蚀光剑：“这些东西不对劲，孢子肯定被人为改造过！”
就在他们深入调查时，银河巡逻队的战舰突然包围了星球。巡逻队队长——一个身披银色战甲的机械人冷笑一声：“终于找到你们了。乖乖束手就擒，或许还能留个全尸。”战斗一触即发，悟天和特兰克斯背靠背，粉色与暗紫色气焰交织成防护屏障。
“龟派气功！”
“暗黑光弹！”
两人的攻击被巡逻队的能量护盾轻松挡下。队长甩出电磁锁链，瞬间缠住特兰克斯的脚踝：“别做无谓的抵抗了。”千钧一发之际，悟天爆发全力，将锁链震断，拉起特兰克斯瞬移逃走。但这一幕被巡逻队的摄像机全程记录，新的通缉令随之升级，罪名从“过失致灾”变成了“暴力拒捕”。
在逃亡过程中，他们遇到了意想不到的盟友——曾经的敌人，邪心者塞壬的妹妹墨杜莎。这个蛇发女妖此刻伤痕累累，眼中却透着真诚：“暗影之王……他骗了我们。孢子根本是用来制造混沌军团的武器……”她将一块记录着暗影之王阴谋的记忆水晶交给两人，“去‘虚空裂隙’，那里藏着孢子的母体。”
然而，当他们抵达虚空裂隙时，却发现这里早已被银河巡逻队重兵把守。更糟糕的是，巡逻队不知从何处得到了能追踪他们能量波动的装置。特兰克斯看着密密麻麻的战舰，握紧了悟天的手：“这次恐怕凶多吉少，但只要能揭露真相……”
战斗在虚空裂隙边缘惨烈展开。悟天和特兰克斯的能量在高强度战斗中迅速消耗，巡逻队的攻击却如潮水般涌来。特兰克斯为了保护悟天，硬生生接下一道等离子炮，后背的战斗服被烧出焦黑的窟窿。“特兰克斯！”悟天红了眼眶，粉色气焰疯狂暴涨，竟在绝境中突破到全新形态——他的头发竖起，周身缠绕着半透明的粉色闪电。
全新的力量让战局暂时逆转，但就在他们即将冲进虚空裂隙时，暗影之王的投影突然出现。“天真的小鬼们，”他的笑声充满嘲讽，“你们以为找到母体就能翻盘？”随着他的话语，巡逻队的战舰同时启动自爆程序，剧烈的爆炸产生的冲击波足以将三人巡逻吞噬…… 而此时的地球，布尔玛正带着比迪丽等人，试图通过揭露记忆水晶的内容为悟天和特兰克斯正名，全世界的目光都聚焦在这场正义与阴谋的较量上。