京都的修学旅行，最终以清水舞台上那个轰动又甜蜜的吻画下了句号。随着药效时间临近尾声，工藤新一不得不再次面对变回江户川柯南的现实。
为了避免在众人面前暴露，他只好再次“拜托”小兰的好闺蜜铃木园子出马，向老师编造了“工藤新一突然接到紧急案件委托，必须立刻离开”的借口。
于是，返程的队伍里少了工藤新一的身影。而真正的他，则和小兰一起，坐上了哥哥工藤悠人提前准备好的私家车，踏上了返回东京的路途。
车内，悠人专注地驾驶着车辆。后座上，气氛有些微妙的安静和甜蜜的尴尬。果然，没过多久，熟悉的剧痛再次袭来，新一的身体在短短几分钟内迅速缩小，变回了江户川柯南的模样。幸好这次悠人早有准备，在后座备好了柯南尺寸的衣物。
小兰细心地帮变小的柯南换好衣服，看着眼前这个又变回小不点模样的恋人，心中既有心疼，又有一种难以言喻的奇妙感觉。柯南（新一）也是小脸微红，乖乖地任由小兰摆布，两人之间的氛围既亲昵又像刚刚确定关系的情侣一样的羞涩。
透过后视镜看到这一幕的悠人，嘴角微微上扬，没有出言调侃这对“苦命”的小情侣。他自己也不由得想起了家中那位因为身体稍有不适而未能同行的爱人——灰原爱。‘不知道爱好点了没有…’ 思念之情悄然蔓延。
数个小时后，车辆平稳地驶入米花町，停在了毛利侦探事务所楼下。
“到了。”悠人出声提醒。
“谢谢悠人哥\/大哥！”小兰和柯南同时说道。
“快上去吧，看看毛利大叔这几天把自己照顾成什么样子了。”悠人笑了笑，目送着两人下车。
小兰自然地牵起柯南的小手，两人一起走上楼梯。推开事务所的门，熟悉的场景映入眼帘——果然不出所料！毛利小五郎瘫在办公桌后的椅子上，睡得正香，周围散落着好几个空啤酒罐，电视里还播放着赛马重播的画面，整个房间弥漫着一股淡淡的酒气。
“爸爸！真是的！我才离开几天你又喝成这样！”小兰立刻叉腰，开始了熟悉的抱怨模式，但语气中却带着一丝安心。这就是她熟悉的、吵闹却温暖的家。柯南在一旁看着，也露出了无奈又习惯的笑容。
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另一边，工藤悠人驾车回到工藤宅。将车停进车库后，他几乎是迫不及待地小跑着进了大门。
一进客厅，就看到灰原爱正窝在柔软的沙发里，身上盖着一条薄毯，膝盖上放着一本打开的书，似乎正在阅读。她的脸色看起来比之前好了一些，但依然带着一丝倦容。
悠人眼睛一亮，放轻脚步，像只大型猫科动物一样，悄无声息地溜到沙发边，然后突然一个“恶狼扑食”，钻进了爱的怀里，把脸埋在她颈窝蹭啊蹭。
“呀！”爱被这突如其来的袭击吓了一跳，手中的书都差点掉下去。但感受到那熟悉的气息和温度，她立刻放松下来，脸上露出温柔的笑意，伸出手轻轻抚摸着他柔软的头发：“回来了？玩得开心吗？事情都顺利解决了？”
“嗯嗯！”悠人在她怀里用力点头，像个小孩子一样寻求着安慰和温存。他保持着这个姿势，开始低声讲述起京都发生的事情——案件的真相、新一和小兰的进展、清水寺的景色，以及最后平安返回。
爱静静地听着，手指有一下没一下地梳理着他的头发，感受着他话语里的情绪起伏。阳光透过窗户洒在两人身上，气氛温馨而美好，仿佛外界的所有纷扰都被隔绝在了这栋房子之外。
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然而，世界的另一面，阴影从未散去。
黑衣组织某处隐秘的据点。
朗姆（胁田兼则）的声音通过经过处理的通讯器，冰冷地下达着新的指令。
“琴酒的失败和损失，需要有人弥补。新的任务已经下达——目标：夺取‘跨龄识别系统’的核心代码和算法。这项技术，对组织未来的‘清理’工作至关重要。”
他点名了任务执行者：
“伏特加，你负责驾驶和后勤支援。”
“贝尔摩德，利用你的身份和人脉，渗透进入技术发布会现场，获取情报。”
“科恩，基安蒂，你们在制高点待命，提供视野支援，必要时清除障碍。”
最后，他提到了一个相对陌生的代号，语气中却带着一丝不容忽视的重视：
“这次行动的领头人，是宾加（pinga）。他是组织的新锐，能力不逊于琴酒，将接替琴酒的位置负责一线指挥。伏特加，贝尔摩德，你们务必配合他的行动。”
通讯结束。
不久后，一辆黑色的保时捷356A停在了据点外。车上下来了三个人——脸色阴沉、戴着墨镜的伏特加；风情万种、眼神却捉摸不定的贝尔摩德；以及一位新面孔。
这位新成员——宾加，看起来年纪不大，穿着一身剪裁得体的黑色西装，身材匀称，眼神锐利如鹰，嘴角挂着一丝自信甚至略带狂妄的弧度。他周身散发出的危险气息和那种对自身实力的绝对自信，确实让人联想到巅峰时期的琴酒，甚至可能更加灵活和难以预测。
“哼，琴酒那个废物，居然栽在这种地方。”宾加嗤笑一声，语气轻蔑，“也好，省得碍事。朗姆先生已经把任务简报发给你们了吧？‘跨龄识别技术’…有点意思。这次行动，我说了算。谁要是拖后腿…”他没有把话说完，但眼中的寒光让一旁的伏特加都忍不住打了个寒颤。
贝尔摩德妩媚一笑，眼神却意味深长：“当然，我们都期待宾加你的表现呢~” 她心中却暗自警惕，这个新来的家伙，看起来比琴酒更加危险和不可控。
新的风暴，已然开始酝酿。组织的魔爪，再次伸向了可能暴露他们存在的关键技术。而刚刚经历了一场风波、正享受着短暂平静的柯南、悠人以及他们身边的人，尚未意识到，一个更加狡猾和强大的敌人，已经登场。