凌云疑似牺牲所带来的巨大真空，并非仅仅体现在吕宋基地的领导权之争上。如同潮水退去后裸露出的礁石，一些原本被其强大威望和卓越能力所掩盖的矛盾与暗涌，也开始悄然浮现。
首当其冲的，便是来自大明朝廷内部更深层次的猜忌与试探。
朱棣虽然迫于形势，追封了凌云，认可了李参将的代理之职，并明面上支持吕宋的技术研发，但这并不意味着他完全放心。一个失去了凌云这等核心灵魂人物，却依旧掌握着远超时代武力和技术的“南洋体系”，在皇帝和部分朝臣眼中，其危险性并未减少，甚至可能因失去约束而变得更加不可预测。
数道来自京城、措辞微妙的中旨，被快马送至正在天津卫负责“龙威”号后续事宜及协调物资转运的韩雍手中。旨意中，朱棣一方面再次“勉励”韩雍尽好观风之责，另一方面，则隐晦地询问吕宋基地内部的人心动向、李参将的统御能力、以及那“多相水晶核心”的研究，是否有可能“另择稳妥之地，如京畿，集中英才共研之？”
这几乎是在暗示，希望将核心技术的研发转移到朝廷能直接控制的范围之内。
韩雍接到旨意，眉头紧锁。他亲眼见证了深渊之门的恐怖，也目睹了凌云与“龙威”号的决死壮举。他深知，吕宋的技术与力量，是大明应对未来可能再次出现的“圣主”级别威胁的基石。此刻若强行插手，甚至试图“摘桃子”，不仅可能引发吕宋的剧烈反弹，更可能断送掉这来之不易的优势。
他斟酌再三，回奏了一份极为谨慎的密折。在折子中，他客观描述了吕宋基地目前“哀兵之势，上下用命”，李参将“虽性情刚猛，然威望素着，暂可维系”，并重点强调了“多相水晶核心”研究之艰深晦涩，“非熟知格物精要、沉浸此道多年者不能窥其门径，强移他处，恐适得其反，徒耗钱粮”。他建议皇帝“宜静观其变，以羁縻笼络为主，待其技术有成，再图良策”。
韩雍的奏折，如同一盆冷水，暂时浇熄了朱棣心中那点急于掌控的念头。皇帝不得不承认，韩雍所言确是老成谋国之见。他暂时按下了直接干预的想法，但暗中对吕宋的监视与制约，却进一步加强了。
外部压力稍缓，吕宋内部的争论却愈发激烈。
李参将的“武力优先”论得到了大部分海军将领和基层官兵的支持。复仇的火焰与对未知威胁的恐惧，让他们渴望更强大的舰炮，渴望主动出击，将危险扼杀在萌芽状态。他们不断催促陈默的“雷霆司”，要求优先研制基于“多相水晶核心”的舰载武器和更大规模的“镇魂钟”阵列。
而陈默和玄玑子坚持的“技术深耕”路线，则显得更加“保守”和“迟缓”。他们几乎将全部精力投入到了对蓝图的解读和基础材料的攻关上，对于武器化的要求，则以“原理未通，强行应用恐生大祸”为由，一再推迟。
“陈工！将士们的血不能白流！我们必须尽快形成新的战斗力！”李参将在一次高层会议上，语气已然带上了不满，“整日埋头在实验室里，等到那劳什子水晶造出来，南边的怪物怕是已经踩到我们脸上了！”
“李将军，稍安勿躁。”陈默揉了揉布满血丝的眼睛，声音疲惫却坚定，“总督大人用生命换来的，不是一件简单的武器，而是一条可能通往更高层面的道路。若我们只知其然，不知其所以然，即便造出了威力更大的炮，也可能只是另一个‘龙威’号，面对更诡异的敌人，结局未必会改变。我们必须先把基石打牢。”
“基石？什么是基石？”一位支持李参将的年轻军官忍不住呛声道，“能杀敌的炮，能保命的船，就是基石！”
“不。”玄玑子缓缓开口，声音带着一种空灵而沉重的力量，“基石，是‘知’。知彼知己，知天知地，知这灵能之流转，知那万物之玄机。总督大人最后传来的信息中，提及‘星陨’，此乃关键。贫道近日感应南方，那‘圣主’意志虽散，然其污染已渗入苍梧天地，若不能从根本上理解并净化此等力量，纵有百万雄师，亦难保永世安宁。”
会议不欢而散。技术与军事路线的分歧，已然公开化，甚至影响到了基地的日常运作。资源调配、人员安排上，都出现了明显的倾向性。
就在这内部分歧日益尖锐之际，一个来自南方侦察舰队的意外发现，为这场争论投下了一颗重磅炸弹。
一艘在苍梧大陆边缘执行巡逻任务的“飞廉级”驱逐舰，在追踪一股异常洋流时，于一处偏僻的海湾，发现了一座半淹没在水下的、风格与星陨遗民飞船残骸极其相似的建筑！建筑大部分结构被珊瑚和淤泥覆盖，但其裸露的部分，闪烁着非自然的金属光泽，并且探测到了微弱的、与“多相水晶核心”蓝图能量特征有某种呼应的灵能反应！
消息传回，吕宋基地震动！
星陨遗民的又一处遗迹？这里面是否隐藏着关于“圣主”起源、关于灵能本质、乃至关于“多相水晶核心”制造的关键秘密？
李参将立刻主张派遣陆战队，强行登陆，占领并搜查该遗迹，获取其中可能存在的技术和情报。
陈默和玄玑子则强烈反对，认为对未知的星陨遗迹，尤其是可能与“圣主”相关的遗迹，必须极其谨慎。冒然闯入，不仅可能一无所获，更可能触发未知的防御机制，或者……释放出新的危险。
“那里面的灵能反应虽然微弱，但其结构复杂程度，远超我们的理解！”玄玑子警告道，“贫道感应到其中蕴含着一种……沉睡的‘秩序’之力，与‘圣主’的混乱冰冷截然不同，但同样深不可测！”
是将其视为一个装满宝藏的武器库，还是一个潜伏着未知风险的潘多拉魔盒？
星陨遗迹的发现，非但没有弥合分歧，反而让吕宋基地的未来道路，变得更加扑朔迷离。
暗涌在权力与理念的碰撞下滋生。
而一块可能决定文明走向的、沉睡了不知多少岁月的基石，正静静地躺在南方那被迷雾笼罩的海湾之中，等待着能够读懂它的人，或者……将其彻底惊醒。