夏口的硝烟尚未完全散去，征南大将军苻晖便已迫不及待地开始了他的东进计划。在他看来，蜀军的骚扰和那个失踪的刘裕不过是癣疥之疾，真正的功业在于踏平建康，完成父皇一统江南的宏愿。停留，只会给敌人更多喘息之机。
在留下部分兵力（主要是新附的荆州军）守卫江陵、夏口等要地，并令其牵制西来的蜀军后，苻晖亲率秦军主力——包括并州狼骑、原中部军精锐以及大部分能战之水师，号称二十万，浩浩荡荡，顺流东下。
舰队帆樯蔽日，旋旗招展，气势恢宏。雷恶地统领的水师为前导，大小战舰铺满了江面。苻晖与张蚝等陆师将领乘坐巨大的楼船，居中指挥。岸上，精锐步骑沿江缓行，与水师互为呼应。大军过处，江北诸城无不震动，或闭门自守，或遣使请降。
苻晖立于楼船船首，望着两岸不断后退的景色，心中豪情万丈。攻克夏口的胜利冲淡了之前的一丝谨慎，父皇的信任和支援更让他信心爆棚。他仿佛已经看到建康城头竖起秦字大旗，看到自己以不世之功凯旋洛阳的景象。
“传令全军，加速前进！遇小股抵抗则歼之，遇坚城则绕之，首要目标，直抵建康外围！”他的命令充满了急迫和自信。
秦军以极快的速度向东推进，沿途几乎未遇像样的抵抗。历阳、姑熟等江北重镇，守军本就因建康内斗而被抽调不少，此刻见秦军势大，又听闻桓伟败亡、夏口陷落，更是胆寒，大多不敢出战。苻晖志得意满，更觉东晋虚弱不堪，破建康易如反掌。
然而，在这表面的势如破竹之下，暗流已然开始涌动。
首先传来的是西线的不利消息。谯明子率领的蜀军并未强攻江陵，而是采取了更狡猾的策略：分兵掠地。他们绕过江陵坚城，分头袭击荆州南部各郡县，劫掠粮草，裹挟壮丁，甚至与当地一些对秦军统治不满的豪强暗中勾结。留守的秦军（多为新附军）兵力分散，疲于奔命，根本无法有效遏制蜀军的活动。虽然江陵暂时无忧，但整个荆州南部已开始糜烂，后勤线受到严重威胁。告急文书雪片般飞向苻晖的东进大军，却大多被他以“勿扰东进大局”为由压下，只责令留守将领自行处置。
与此同时，建康方面，在桓玄的强力整合下，初步建立起了防御体系。桓玄深知秦军势大，不可浪战，采取了坚壁清野、巩固要点策略。
他一方面命令江北剩余据点的守军尽可能拖延秦军步伐，消耗其锐气；另一方面，将主要兵力收缩至建康周边及长江南岸的一系列要塞，如采石矶、芜湖、京口等地，重点加固这些地方的城防和水寨。同时，他将建康周边的大量百姓和粮草强行迁入城内，准备进行长期的围城战。虽然手段粗暴，引得怨声载道，但在生死存亡面前，也顾不了那许多了。
而就在这紧张的备战氛围中，南岸的京口，一个意想不到的变数正在快速崛起。
刘裕成功逃脱后，历经艰险，终于抵达京口。这里不仅是拱卫建康的重要据点，更是北府军的发源地和重要兵源所在地。刘裕凭借其北府军老底子的身份、以及在夏口血战中淬炼出的声威（夏口虽败，但其勇武之名已通过逃散的士卒渐渐传开），迅速吸引了大量对现状不满的北府旧部、流民壮丁以及一些渴望建功立业的地方豪强。
他没有像其他人一样急于去建康寻求官职，而是在京口就地扎根。他拿出当年贩履织席时练就的交际和组织能力，奔走呼号，陈说利害：
“秦虏南下，志在灭我社稷，绝我衣冠！夏口之屠，历历在目（夸大宣传）！桓公（桓玄）虽与朝廷有隙，今亦能顾全大局，共抗外侮！我等身为北府子弟，岂能坐视家园沦丧？当自保乡梓，助官军抗敌！”
他的号召得到了热烈响应。很快，一支以原北府兵为骨干、吸纳了大量流民豪强的队伍在京口悄然成型，虽然装备简陋，但士气高昂，战斗力在快速提升。刘裕自任首领，既不公开反对桓玄，也不完全听命于建康，保持了一种微妙的独立性。他深知，乱世之中，有兵才有权，有实力才能活下去，才能报仇雪恨！
桓玄得知京口情况，心中忌惮，但大敌当前，不得不暂时隐忍，反而派人送去一些粮饷器械，加以笼络，默认了刘裕这股地方武装的存在，希望其能为己所用，至少不添乱。
于是，当苻晖的大军一路高歌猛进，前锋逐渐逼近采石矶、芜湖一线时，他面临的已经不是一个完全混乱崩溃的东晋。而是一个暂时团结起来、收缩防御、并拥有刘裕这颗不定时炸弹的对手。
苻晖接到前方哨探回报，称南岸晋军防守严密，采石矶等处似有重兵布防，不由得微微皱眉，但随即又被骄傲所取代。
“困兽犹斗罢了！传令雷恶地，水师前出，试探敌军虚实！命张蚝做好准备，一旦水师打开局面，立刻登陆，给本将军拿下采石矶！”
他决定，不再绕行，就要从这长江防线最坚固的点之一，强行撕开缺口，一举粉碎东晋最后的抵抗意志！他相信，在绝对的实力面前，任何防御都是徒劳的。
大战的阴云，迅速笼罩了建康以西的江面。而刘裕在京口磨砺着他的刀剑，冷冷地注视着西来的秦军舰队，等待着属于他的机会。苻晖的急进，正将他引向一场前所未有的硬仗。