起重光赤奋若（辛丑），尽玄黓摄提格（壬寅），凡二年。
安皇帝丁
隆安五年（辛丑，公元401年）
1春季，正月，武威王秃发利鹿孤准备称帝，大臣们都劝他。安国将军鍮勿仑（胡三省注：安国将军，汉献帝曾授予张杨）说：“我们国家从先祖以来，就披发左衽，没有冠带装饰，追逐水草迁徙，没有城郭房屋，所以能在沙漠称雄，与中原抗衡（胡三省注：夏，指中原）。现在如果称帝，确实顺应民心。但建都立城，难以躲避祸患，积蓄仓库，会招引敌人窥伺；不如把晋人安置在城郭中，鼓励他们从事农桑来提供物资储备，率领本族百姓练习作战射箭，邻国弱小就趁机攻取，强大就回避，这才是长久的好计策（胡三省注：自汉以来，为夷狄谋划的人，没有比这更好的计策了）。而且虚名没有实际意义，只会成为世人攻击的目标，有什么用呢！”（胡三省注：质承受斧头，的承受箭矢。根据《诗经》“发彼有的”，毛《传》说：的，就是质。《正义》说：毛氏对于射侯的事情，正鹄不明确；只有《猗嗟传》说：二尺叫正，也没说正用在什么地方……诗人的意思是以的为正鹄。郑玄认为侯中所射的地方为质。这里毛《传》只说的是质。）秃发利鹿孤说：“安国将军说得对。”于是改称河西王（胡三省注：称武威王只统辖一郡，称河西王则想兼并汉代的四郡之地，这是秃发利鹿孤的志向），任命广武公秃发傉檀为都督中外诸军事、凉州牧、录尚书事。
2二月，丙子（初十），孙恩从浃口（今浙江宁波镇海东南）出兵，攻打句章（今浙江宁波南），没能攻下。刘牢之反击，孙恩又逃入海中。
3后秦王姚兴让乞伏乾归返回苑川（今甘肃榆中东北）镇守，把他原来的部众全部配给他（胡三省注：为乞伏氏重新强大埋下伏笔）。
4后凉王吕纂嗜酒好猎，太常杨颖劝谏说：“陛下顺应天命登位，应当用道义守住它。现在疆域日益缩小，在洪池岭、丹岭两座山岭之间艰难维持（胡三省注：姑臧南有洪池岭，西有丹岭，一作“删丹岭”），陛下不兢兢业业、戒慎恐惧来发扬先祖的事业，却沉溺于游玩打猎，不把国家大事放在心上，我私下里为陛下感到危险。”吕纂谦逊地道歉，但仍然不改。
番禾（今甘肃永昌，胡三省注：番禾县，汉属张掖郡，后汉、晋时撤销。此郡大概是吕氏设置。刘昫说：唐凉州天宝县，是汉番禾县地）太守吕超擅自袭击鲜卑思盘，思盘派他的弟弟乞珍向吕纂告状，吕纂命令吕超和思盘都入朝。吕超害怕，到姑臧（今甘肃武威）后，极力巴结殿中监杜尚。吕纂见到吕超，责备他说：“你依仗兄弟勇猛（胡三省注：孔安国说：桓桓，威武的样子），竟敢欺辱我，我一定要杀了你，天下才能安定！”吕超磕头谢罪。吕纂本来只是恐吓吕超，其实无意杀他。于是带吕超、思盘和大臣们一起在内殿宴饮。吕超的哥哥中领军吕隆多次向吕纂劝酒，吕纂喝醉了，乘坐步挽车（胡三省注：步挽车不用牛马等，让人步行牵引。《魏书·礼志》：步挽车是天子的小驾，也作为副车），带吕超等人在宫中游览。到琨华堂东阁，车过不去，吕纂的亲信将领窦川、骆腾把剑靠在墙上，推车过阁。吕超拿起剑刺杀吕纂，吕纂下车抓住吕超，吕超刺穿了吕纂的胸膛；窦川、骆腾和吕超格斗，吕超杀了他们。吕纂的皇后杨氏命令禁兵讨伐吕超；杜尚阻止他们（胡三省注：吕超巴结杜尚，大概有秘密约定），禁兵都放下武器不战。将军魏益多进来，取下吕纂的首级，杨氏说：“人已经死了，如同土石，什么都不知道了，何必忍心再毁坏他的尸身呢！”（胡三省注：复，音fu）魏益多骂她，于是拿着吕纂的首级示众说：“吕纂违背先帝的命令，杀太子自立（胡三省注：事见上卷三年），荒淫暴虐。番禾太守吕超顺应人心除掉他，以安定宗庙，凡是我们的官民，共同庆祝！”
吕纂的叔父巴西公吕佗、弟弟陇西公吕纬都在北城。有人劝吕纬说：“吕超作乱，您以皇弟的身份（胡三省注：杜预说：介，大），依仗大义讨伐他，姜纪、焦辨在南城，杨桓、田诚在东苑，都是我们的人，还怕不能成功吗！”吕纬整兵准备和吕佗一起攻打吕超。吕佗的妻子梁氏阻止他说：“吕纬、吕超都是兄弟的儿子，为什么要舍弃吕超帮助吕纬，自己做祸首呢！”吕佗于是对吕纬说：“吕超起事已经成功，占据武库，拥有精兵，图谋他很困难；而且我老了，无能为力了。”吕超的弟弟吕邈得到吕纬的宠信，劝吕纬说：“吕纂杀害兄弟（胡三省注：指杀吕绍又杀吕弘），吕隆、吕超顺应人心讨伐他，正是想尊立您啊。现在您是先帝的长子，应当主持国家，人心所向，又有什么可怀疑的呢！”吕纬相信了他，于是和吕隆、吕超结盟，独自骑马入城；吕超抓住他杀了。吕超让位给吕隆，吕隆面有难色。吕超说：“现在像乘龙上天，怎么能中途下来！”吕隆于是即天王位（胡三省注：吕隆，字永基，是吕光弟弟吕宝的儿子），大赦天下，改年号为神鼎（胡三省注：吕超先前在番禾得到小鼎，认为是神瑞，所以用它纪年）。尊母亲卫氏为太后，妻子杨氏为皇后；任命吕超为都督中外诸军事、辅国大将军、录尚书事，封安定公；追谥吕纂为灵公。
吕纂的皇后杨氏准备出宫，吕超怕她携带珍宝，命令搜查。杨氏说：“你们兄弟不义，亲手互相残杀，我早晚是死人，用珍宝干什么！”吕超又问玉玺在哪里，杨氏说：“已经毁了。”皇后有美色，吕超准备娶她，对她的父亲右仆射杨桓说：“皇后如果自杀，祸及你的家族！”杨桓把这话告诉杨氏。杨氏说：“父亲把女儿卖给氐人（指吕氏）谋取富贵，一次已经很过分了，还能再来一次吗！”（引用《左传》的话）于是自杀，谥号为穆后。杨桓投奔河西王秃发利鹿孤，秃发利鹿孤任命他为左司马。
5三月，孙恩向北直奔海盐（今浙江海盐，胡三省注：海盐县本是武原乡，秦设为海盐县，汉属会稽郡，后汉、晋属吴郡，现在在秀州东南八十里），刘跟随抵抗，在海盐旧治筑城。孙恩每天来攻城，刘多次击败他，斩杀他的将领姚盛。城中兵少抵挡不住，刘夜里放倒旗帜，隐藏部众，第二天早晨开门，让几个瘦弱的士兵登城。贼寇远远地问刘在哪里，士兵说：“夜里已经走了。”贼寇相信了，争相入城。刘奋勇出击，大败贼寇。孙恩知道城攻不下，于是进军沪渎，刘又弃城追击。
海盐令鲍陋派儿子鲍嗣之率领一千吴兵，请求作为前锋。刘说：“贼兵很精锐，吴人不熟悉作战，如果前锋失利，必定败了我们的军队，可以在后面作为声援。”鲍嗣之不听。刘于是多设伏兵和旗帜战鼓。前锋刚交战，各伏兵都出击，刘举旗击鼓，贼寇以为四面有军队，于是撤退。鲍嗣之追击，战死。刘边战边退，部下死伤殆尽，到刚才交战的地方，命令左右的人脱下死人的衣服，以显示从容不迫。贼寇怀疑，不敢逼近。刘大声呼喊再战，贼寇畏惧后退，刘才得以退回。
6河西王秃发利鹿孤讨伐后凉，和后凉王吕隆交战，大败他，迁徙二千多户后返回。
7夏季，四月，辛卯（二十七日），北魏撤销邺行台（胡三省注：北魏设置邺行台，见一百一十卷隆安二年），在原行台统辖的六郡设置相州，任命庾岳为刺史（胡三省注：北魏相州统辖魏郡、阳平、广平、汲郡、顿丘、清河六郡。杜佑说：后魏在邺设置相州，取河亶甲居相的典故命名）。
8乞伏乾归到苑川，任命边芮为长史，王松寿为司马，公卿、将帅都降为僚佐、偏将。
9北凉王段业忌惮沮渠蒙逊的勇猛谋略，想疏远他，沮渠蒙逊也深藏不露。段业用门下侍郎马权代替沮渠蒙逊为张掖太守；马权一向豪放出众，被段业亲近重用，常常轻视侮辱沮渠蒙逊。沮渠蒙逊向段业诬陷说：“天下不值得忧虑，只应当担忧马权。”段业于是杀了马权（胡三省注：在我看来，索嗣、马权都是庸人，依仗家世资历而意气用事，不能有所作为）。
沮渠蒙逊对沮渠男成说：“段公没有明察决断的才能，不是平定乱世的君主，从前所忌惮的只有索嗣、马权，现在都已经死了（胡三省注：索嗣死见上卷四年），我想除掉段业来拥戴兄长，怎么样？”沮渠男成说：“段业本是孤客，被我们家拥立，依仗我们兄弟如同鱼依靠水。别人亲近信任我们却要图谋他，不吉利。”沮渠蒙逊于是请求担任西安太守，段业高兴他出京，答应了。
沮渠蒙逊和沮渠男成约定一起祭祀兰门山，却暗中让司马许咸报告段业说：“沮渠男成想趁休假作乱，如果他请求祭祀兰门山，我的话就应验了。”到了约定的日子，果然如此。段业逮捕沮渠男成，赐他死。沮渠男成说：“沮渠蒙逊先和我谋反，我因为兄弟的缘故，隐瞒不说。现在因为我在，恐怕部众不顺从，所以约我祭山而反过来诬陷我，他的意思是想让大王杀我。请假说我死了，公布我的罪状，沮渠蒙逊必定谋反，我然后奉大王的命令讨伐他，没有不能攻克的。”段业不听，杀了他。沮渠蒙逊哭着告诉部众说：“沮渠男成对段王忠诚，而段王无故冤杀他，各位能为他报仇吗？而且当初共同拥立段王，是想安定部众；现在州中混乱，不是段王能平定的。”沮渠男成一向得民心，部众都愤怒哭泣，争相奋勇，等到达氐池（今甘肃民乐，胡三省注：氐池县，汉属张掖郡，晋时撤销，其地属唐甘州张掖县），部众超过一万；镇军将军臧莫孩率领部下投降，羌、胡大多起兵响应沮渠蒙逊。沮渠蒙逊进逼侯坞。
段业先前怀疑右将军田昂，把他囚禁起来；到这时召见田昂，道歉并赦免他，派他和武卫将军梁中庸一起讨伐沮渠蒙逊。别将王丰孙对段业说：“西平田氏，世代有反叛的，田昂表面恭敬而内心险恶，不可信任。”段业说：“我怀疑他很久了；但除了田昂没人可以讨伐沮渠蒙逊。”田昂到侯坞，率领五百骑兵投降沮渠蒙逊，段业的军队于是溃散，梁中庸也到沮渠蒙逊那里投降。（胡三省注：在危疑不定的时候，用言语为难，而用人更难，在这种时候，没有明智的谋略和果断的魄力不能成功。）
五月，沮渠蒙逊到张掖（今甘肃张掖），田昂哥哥的儿子田承爱打开城门接纳他，段业的左右都逃散了。沮渠蒙逊到后，段业对他说：“我孤单一人，被你们家推举，希望乞求一条活路，能让我东归和妻子儿女相见。”沮渠蒙逊杀了他（胡三省注：北凉段业在位四年而亡）。
段业是个儒雅的长者，没有其他权谋策略，威严禁令不能施行，部下擅自发号施令，尤其相信占卜、巫术，所以导致失败。
沮渠男成的弟弟沮渠富占、将军俱傫率领五百户投降河西王秃发利鹿孤。俱傫是俱石子的儿子（胡三省注：俱石子见一百六卷孝武太元十年）。
10孙恩攻陷沪渎，杀吴国内史袁山松（胡三省注：“崧”应当作“山松”），死了四千人。
11后凉王吕隆杀了很多豪门望族来树立威名，内外骚动，人人自危。魏安（今甘肃古浪东，胡三省注：魏安县在武威昌松县界，大概是曹魏设置，而《晋志》没有记载。后魏设置魏安郡）人焦朗派使者劝后秦陇西公姚硕德说：“吕氏自从武皇（吕光，胡三省注：吕光伪谥懿武皇帝）去世后，兄弟互相攻打，政令不行，争相施行暴虐，百姓饥饿，死了一半多。现在趁他们篡夺的机会，攻取他们易如反掌，不可错过。”姚硕德告诉后秦王姚兴，率领六万步兵骑兵讨伐后凉，乞伏乾归率领七千骑兵跟随。
12六月，甲戌（初十），孙恩从海上突然到达丹徒（今江苏镇江，胡三省注：丹徒县，古朱方，后叫谷阳，秦改丹徒，汉属会稽郡，后汉属吴郡，晋属晋陵郡。《地理志》说：秦时，望气的人说这里有天子气，始皇派三千穿红衣服的人凿城破坏其气势，改叫丹徒），有十多万战士，一千多艘楼船，建康（今江苏南京）震动恐惧。乙亥（十一日），内外戒严，百官入住宫中；冠军将军高素等守卫石头城，辅国将军刘袭用栅栏阻断淮口（秦淮河入江口），丹阳尹司马恢之戍守南岸，冠军将军桓谦等防守白石，左卫将军王嘏等屯驻中堂，征召豫州刺史谯王司马尚之入卫京城。
刘牢之从山阴（今浙江绍兴）率兵拦击孙恩，没到而孙恩已经过去，于是派刘从海盐（今浙江海盐）入援。刘兵不满一千，日夜兼程，和孙恩一起到丹徒。刘的部众少，加上长途跋涉疲劳，而丹徒的守军没有斗志。孙恩率领部众鼓噪着登上蒜山（今江苏镇江西，胡三省注：蒜山现在在镇江府城西三里，山上多蒜，所以得名），居民都挑着担子站着。刘率领部下奔袭，大败孙恩，很多贼寇跳崖投水死，孙恩狼狈地才得以回到船上。但孙恩还依仗人多，不久又整顿军队径直向京城进发。后将军司马元显率兵抵抗，多次失利。会稽王司马道子没有其他谋略，只每天向蒋侯庙祈祷（胡三省注：蒋侯庙在蒋山，今建康府上元县东北十八里。汉末，秣陵尉蒋子文讨贼，战死山下，吴孙权为他立庙，江东朝野祈祷，常有灵验）。孙恩越来越近，百姓恐慌。谯王司马尚之率领精锐赶到，径直屯驻积弩堂。孙恩的楼船高大，逆着风不能快速前进，几天后才到白石。孙恩本来以为各军分散，想趁其不备袭击，后来知道司马尚之在健康，又听说刘牢之已经返回，到新洲（今江苏南京西北长江中，胡三省注：新洲在京口西大江中，大概就是现在的珠金沙），不敢前进而离开，从海上向北逃到郁洲（今江苏连云港东，胡三省注：《水经注》说：东海朐县东北海中有大洲，叫郁洲，是《山海经》所说的“郁山在海中”）。孙恩的别将攻陷广陵（今江苏扬州），杀了三千人。宁朔将军高雅之在郁洲攻击孙恩，被孙恩擒获。
桓玄整顿军队，训练士卒，常常等待朝廷的空隙，听说孙恩逼近京城，树立军旗聚集部众，上疏请求讨伐。司马元显非常害怕。正好孙恩撤退，司马元显用诏书阻止他，桓玄才解除戒严。
13梁中庸等人共同推举沮渠蒙逊为大都督、大将军、凉州牧、张掖公，在境内大赦，改年号为永安。沮渠蒙逊任命堂兄沮渠伏奴为张掖太守、和平侯，弟弟沮渠挐为建忠将军、都谷侯，田昂为西郡太守，臧莫孩为辅国将军，房晷、梁中庸为左右长史，张骘、谢正礼为左右司马；提拔任用贤才，文武官员都很高兴。
14河西王秃发利鹿孤命令大臣们极力指出朝政的得失。西曹从事史暠说：“陛下命令将领出征，没有不取胜的；但不把安定百姓放在首位，只以迁徙百姓为要务；百姓安土重迁，所以多有叛离，这就是为什么斩杀敌将、攻克城池而土地没有扩大的原因。”秃发利鹿孤认为他说得对。
15秋季，七月，北魏兖州刺史长孙肥（胡三省注：北魏还没有得到兖州，派长孙肥以兖州刺史的身份向南攻城略地）率领二万步兵骑兵向南攻占许昌（今河南许昌），向东到彭城（今江苏徐州），将军刘该投降。
16后秦陇西公姚硕德从金城（今甘肃兰州西北）渡过黄河，径直奔赴广武（今甘肃永登），河西王秃发利鹿孤收拢广武的守军回避。后秦军到姑臧，后凉王吕隆派遣辅国大将军吕超、龙骧将军吕邈等迎战，姚硕德大败他们，生擒吕邈，俘虏斩杀一万多人。吕隆环城固守，巴西公吕佗率领东苑的二万五千部众投降后秦。西凉公李暠、河西王秃发利鹿孤、沮渠蒙逊分别派遣使者进贡向后秦。
当初，后凉将领姜纪投降河西王秃发利鹿孤，广武公秃发傉檀和他谈论兵略，非常喜爱器重他，坐着同席，出去同车，每次谈论，从晚上到白天。秃发利鹿孤对秃发傉檀说：“姜纪确实有才能，但神态不一般，必定不会长久留在这里，不如杀了他。姜纪如果进入后秦，必定成为我们的祸患。”秃发傉檀说：“我以平民的身份对待姜纪，姜纪必定不会辜负我。”八月，姜纪率领几十个骑兵投奔后秦军（胡三省注：秃发兄弟都推崇秃发傉檀的明智谋略，我仔细看秃发傉檀的一生，不敢认同。再仔细看姜纪从后凉到后秦的经历，姜纪大概是反复诡诈的人，而秃发傉檀喜爱器重他，可见秃发傉檀大概因为才辩被兄长们看重，而智略不能成事，这是他亡国的原因），劝姚硕德说：“吕隆困守孤城，没有援兵，明公率大军逼近，他势必请求投降；但他只是表面投降，不肯真正臣服。请给我三千步兵骑兵，和王松怱利用焦朗、华纯的部众，趁其空隙，吕隆不难攻取。不然，现在秃发氏在南边，兵强国富，如果兼并姑臧占据它，威势更盛，沮渠蒙逊、李暠不能抵抗，必定会归附他，这样，就会成为国家的大敌人。”姚硕德于是上表任命姜纪为武威太守，配给二千士兵，屯驻晏然（今甘肃武威西北，胡三省注：班固《地理志》，武威休屠县，王莽改叫晏然，后又改回休屠。永宁中，张轨在姑臧西北设置武兴郡，晏然县属它）。
后秦王姚兴听说杨桓贤能，征召他，秃发利鹿孤不敢挽留（胡三省注：史书记载各凉国畏惧后秦的强大）。
17下诏任命刘为下邳太守（今江苏邳州），在郁洲讨伐孙恩，多次作战，大败孙恩。孙恩因此衰弱，又沿着海南逃，刘也随后追击。
18后燕王慕容盛借鉴他的父亲慕容宝因为懦弱失国的教训，致力于严厉的刑罚，又自夸聪明明察，多有猜忌，大臣有微小的嫌疑，都先杀掉，因此宗室、功臣旧部，人人自危。丁亥（十五日），左将军慕容国与殿中将军秦舆、段讃谋划率领禁兵袭击慕容盛（胡三省注：殿上将军大概是慕容氏设置，沿用晋的殿中将军名称），事情败露，死了五百多人。壬辰（二十日）夜，前将军段玑与秦舆的儿子秦兴、段讃的儿子段泰潜伏在宫中鼓噪大喊；慕容盛听说变故，率领左右出战，贼众逃散。段玑受伤，藏在厢房里。不久有一个贼从暗处袭击慕容盛，慕容盛受伤，被抬到前殿，约束禁卫，事情平定后去世，时年二十九岁（胡三省注：慕容盛面对变故能镇定，他的雄略也有过人之处，但因猜忌好杀而丧命，可见天下的人本来就不是一个人能耍弄智略而杀光的）。
中垒将军慕容拔、冗从仆射郭仲告诉太后丁氏，认为国家多难，应当立年长的君主。当时大家寄望于慕容盛的弟弟司徒、尚书令、平原公慕容元，而河间公慕容熙一向得到丁氏的宠爱，丁氏于是废黜太子慕容定，秘密迎接慕容熙入宫。第二天早晨，大臣们入朝，才知道有变故，于是上表劝慕容熙即位。慕容熙让位给慕容元，慕容元不敢接受。癸巳（二十一日），慕容熙即天王位（胡三省注：慕容熙，字道文，是慕容垂的小儿子），抓获段玑等人，都灭三族。甲午（二十二日），大赦天下。丙申（二十四日），平原公慕容元因嫌疑被赐死。闰月，辛酉（十九日），把慕容盛葬在兴平陵，谥号为昭武皇帝，庙号中宗。丁氏送葬还没回来，中领军慕容提、步军校尉张佛等谋划立原太子慕容定，事情败露，被处死，慕容定也被赐死（胡三省注：后燕立慕容定为太子，见上卷四年）。丙寅（二十四日），大赦天下，改年号为光始。
19后秦陇西公姚硕德围攻姑臧几个月，城中的东方人大多谋划叛逃，魏益多又引诱煽动，想杀后凉王吕隆和安定公吕超，事情败露，受牵连而死的有三百多家。姚硕德安抚接纳夷人、汉人，分别设置地方官，节约粮食，聚集粟米，作持久的打算。
后凉的大臣请求和后秦讲和，吕隆不答应。安定公吕超说：“现在物资储备耗尽，上下嗷嗷待哺，即使让张良、陈平复活（胡三省注：张良、陈平是智谋之士，所以称赞他们），也没有办法。陛下应当考虑权变屈伸，何必吝惜一封书信、一个使者，说些谦卑的话来退敌！敌人退走后，整顿德政安抚百姓，如果国运未尽，还怕旧业不能恢复（胡三省注：周成王在郏鄏定鼎，占卜传世三十代，占卜享国七百年）；如果天命已去，也可以保全宗族。不然，坐守困穷，最终会怎么样？”吕隆于是听从，九月，派使者向后秦请求投降。（《考异》说：《姚兴载记》说姚平伐魏和姚硕德伐吕隆同时。《魏书》说天兴五年五月，姚平来侵犯。晋元兴元年是后秦弘始四年。《晋·帝纪》、《晋春秋》都说“隆安五年投降后秦”。《十六国·西秦春秋》说：“太初十四年五月，乞伏乾归跟随姚硕德伐凉。”《南凉春秋》说：“建和二年七月，姚硕德伐吕隆，秃发利鹿孤收拢广武守军回避。”都是隆安五年。按后秦是小国，已经和北魏相持，难道有空闲再出兵伐凉！大概是《载记》的错误。现在以《晋·帝纪》、《晋春秋》、《十六国·西秦》、《南凉春秋》为依据。）姚硕德上表任命吕隆为镇西大将军、凉州刺史、建康公。吕隆派子弟及文武旧臣慕容筑、杨颖等五十多家到长安做人质（胡三省注：慕容筑是燕宗室。苻坚灭燕，其宗室都补任边郡，所以慕容筑留在河西）。姚硕德军令严明，秋毫无犯，祭祀先贤，礼遇名士，西土的人很高兴。
沮渠蒙逊所统辖的酒泉、凉宁二郡叛降西凉（胡三省注：酒泉郡治福禄县。魏收《地形志》，凉宁郡领园池、贡泽二县），又听说吕隆投降后秦，非常害怕，派他的弟弟建忠将军沮渠挐、牧府长史张潜（胡三省注：沮渠蒙逊自称凉州牧，设置牧府长史）到姑臧见姚硕德，请求率领部众东迁（胡三省注：帅，音shuài）。姚硕德高兴，任命张潜为张掖太守，沮渠挐为建康太守。张潜劝沮渠蒙逊东迁。沮渠挐私下对沮渠蒙逊说：“姑臧还没攻下，吕氏还在，姚硕德粮尽将回，不能长久，为什么要自己放弃领土，受制于人呢！”臧莫孩也这样认为。
沮渠蒙逊派儿子沮渠奚念到河西王秃发利鹿孤那里做人质，秃发利鹿孤不接受，说：“奚念年幼，可以派沮渠挐来。”冬季，十月，沮渠蒙逊又派使者上疏秃发利鹿孤说：“我先前派奚念表达诚意，但陛下不明白，又征召我弟弟沮渠挐。我私下认为，如果有诚信，儿子不算轻，如果没有诚信，弟弟不算重。现在寇难未平，不能接受诏令，希望陛下谅解。”秃发利鹿孤发怒，派张松侯俱延、兴城侯文支率领一万骑兵袭击沮渠蒙逊，到万岁临松（今甘肃张掖南，胡三省注：《晋书·地理志》，酒泉郡有延寿县，应当是后来改为万岁。张天锡设置临松郡。《五代志》说：临松县有临松山，后周并入张掖县。宋白说：隋炀帝把万岁并入删丹县，属张掖郡），抓获沮渠蒙逊的堂兄鄯善苟子（胡三省注：康说：鄯善是复姓，其先祖是西域人，以国为姓，苟子是他的名。我根据纪文，因为鄯善苟子是沮渠蒙逊的堂兄，可见鄯善不是姓），掳掠六千多户百姓。沮渠蒙逊的堂叔沮渠孔遮到秃发利鹿孤那里入朝，答应以沮渠挐为人质，秃发利鹿孤才归还掳掠的人口，召回俱延等人。文支是秃发利鹿孤的弟弟。
20南燕主慕容备德在延贤堂宴请大臣（胡三省注：慕容备德本名德，占据齐地后，增加上一字，名备德），酒喝到酣畅时，对大臣们说：“朕可以和古代的什么君主相比？”青州刺史鞠仲说：“陛下是中兴圣主，和少康、光武帝一样。”慕容备德回头对左右赏赐鞠仲一千匹帛；鞠仲因为赏赐太多，推辞。慕容备德说：“你知道调侃朕，朕不知道调侃你吗！你回答的不是实话，所以朕也用虚言赏赐你。”韩范进言说：“天子无戏言，今天的对话，君臣都有错。”慕容备德非常高兴，赏赐韩范五十匹绢。
慕容备德的母亲和哥哥慕容纳都在长安，慕容备德派平原人杜弘前去寻访。杜弘说：“我到长安，如果得不到太后的消息，就向西到张掖（胡三省注：慕容备德在秦做官时为张掖太守，他的哥哥慕容纳于是在张掖安家，所以杜弘想往张掖寻访），以死效力。我的父亲杜雄年过六十，请求给予本县的俸禄来尽孝心（胡三省注：慈乌反哺，所以这样说。李密《陈情表》说：“乌鸟私情，愿乞终养”）。”中书令张华说：“杜弘还没出发就求俸禄，要挟君主的罪大了。”慕容备德说：“杜弘为君主迎母亲，为父亲求俸禄，忠孝都有了，有什么罪！”任命杜雄为平原令。杜弘到张掖，被强盗杀死。
21十一月，刘追击孙恩到沪渎、海盐，又打败他，俘虏斩杀几万人，孙恩于是从浃口（今浙江宁波镇海东南）远逃入海。
22十二月，辛亥（初五），北魏主拓跋珪派遣常山王拓跋遵、定陵公和跋率领五万部众在高平（今宁夏固原，胡三省注：高平，汉属安定，魏收《志》属泾州新平郡。又原州有高平郡；郦道元说：高平川西南离安定三百四十里）袭击没弈干。
23乙卯（初九），北魏虎威将军宿沓干讨伐后燕，攻打令支；乙丑（十九日），后燕中领军宇文拔救援；壬午（疑误），宿沓干攻克令支并戍守。
24吕超攻打姜纪不能攻克，于是攻打焦朗。焦朗派他弟弟的儿子焦嵩到河西王秃发利鹿孤那里做人质请求救援，秃发利鹿孤派遣车骑将军秃发傉檀前往；等到达，吕超已经撤退，焦朗关闭城门抵抗。秃发傉檀发怒，准备攻打。镇北将军俱延劝谏说：“安土重迁是人之常情。焦朗困守孤城，没有粮食，今年不投降，明年自然会臣服，何必多杀士兵来攻打！如果不能取胜，他必定会去投奔其他国家；放弃州境的百姓来帮助邻敌，不是好计策，不如用好话劝谕他。”秃发傉檀于是和焦朗结盟，于是在姑臧炫耀兵力，在胡阬（今甘肃武威西）扎营。
秃发傉檀知道吕超必定来劫营，准备好火把等待。吕超夜里派遣中垒将军王集率领二千精兵劫秃发傉檀的营寨，秃发傉檀从容整兵，不急于出兵。王集进入营垒，内外都举火，光照如昼，秃发傉檀纵兵攻击，斩杀王集及三百多甲士。吕隆害怕，假装和秃发傉檀通好，请求在苑内结盟。秃发傉檀派俱延入城结盟，俱延怀疑有埋伏，拆毁苑墙进入；吕超的伏兵出击，俱延失马步行逃跑，凌江将军郭祖奋力抵抗，俱延才得以幸免。秃发傉檀发怒，在显美（今甘肃永昌东南）攻打昌松太守孟禕（胡三省注：昌松、显美，汉、晋都是县，属武威郡。吕光改昌松为东张掖郡，不久又改为昌松郡。《五代志》，后周废显美入姑臧）。吕隆派遣广武将军苟安国、宁远将军石可率领五百骑兵救援；苟安国等畏惧秃发傉檀的强大，逃回。
25桓玄上表任命他的哥哥桓伟为江州刺史，镇守夏口（今湖北武汉）；司马刁畅为辅国将军、督八郡军事，镇守襄阳（今湖北襄阳）；派遣他的将领皇甫敷、冯该戍守湓口（今江西九江）。迁移沮水、漳水（今湖北西部，胡三省注：《左传》说：江、汉、沮、漳是楚的望地。《水经》：沮水出汉中房陵，东南过临沮界，又东过枝江县，南入江。漳水出临沮县东荆山，南至枝江县北入沮。二水上下游都有蛮人居住）的二千户蛮人到长江以南，设立武宁郡；又招集流民，设立绥安郡（胡三省注：绥安郡治长宁县，隋废长宁入长林）。下诏征召广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之，桓玄都留住不派遣。
桓玄自认为拥有晋朝三分之二的领土，多次让人献上自己的祥瑞征兆，想以此迷惑众人；又给会稽王司马道子写信说：“贼寇逼近京城，因为刮风不能前进，因为下雨不能放火，粮食吃完所以离去，不是力量不足。从前王国宝死后，王恭不趁此威势入京执掌朝政，可见他的心意不是欺侮明公，却被说成不忠。现在的权贵心腹，有当时清流名望的是谁呢？难道能说没有优秀的人才？只是不能信任他们罢了！江东人士中，名位显赫的，都称为佳胜、名胜。近来一朝一夕，就造成今天的祸患。在朝君子都怕祸而不言，我愧居远方，所以陈述事实。”司马元显见信，非常害怕。
张法顺对司马元显说：“桓玄凭借家世资历，一向有豪气，已经兼并殷仲堪、杨佺期（胡三省注：殷、杨指殷仲堪、杨佺期。兼并殷、杨事见上卷隆安三年），独占荆楚；您所控制的只有三吴而已（胡三省注：第指府第；第下犹如门下、阁下之类）。孙恩作乱，东方破败，公私困竭，桓玄必定趁此放纵他的奸凶，我私下里很担忧。”司马元显说：“怎么办？”张法顺说：“桓玄刚得荆州，人心未附，正致力于安抚，无暇他图。如果趁此时机让刘牢之为前锋，而您率大军继进，桓玄可以攻取。”司马元显认为对。正好武昌太守庾楷因为桓玄与朝廷结怨，怕事情不成，祸及自己（胡三省注：庾楷归顺桓玄，见一百十卷隆安二年），秘密派人自己结交司马元显，说“桓玄大失人心，部众不愿为他所用，如果朝廷派兵，我将作为内应。”司马元显大喜，派张法顺到京口（今江苏镇江），和刘牢之谋划；刘牢之认为困难。张法顺回来，对司马元显说：“看刘牢之的言行神色，必定会背叛我们，不如召他入京杀了；不然，会败坏大事。”司马元显不听。于是大规模整治水军，征调军队，装备战舰，谋划讨伐桓玄。
元兴元年（壬寅，公元402年）
1春季，正月，庚午朔（初一），（胡三省注：这年三月，司马元显失败，恢复隆安年号，桓玄不久改叫大亨，桓玄篡位，又改叫永始。元兴的年号从这年正月开始，《通鉴》从这年到义熙初年，都不改元兴的年号，不认同桓玄的篡位，拨乱反正）下诏历数桓玄的罪状，任命尚书令司马元显为骠骑大将军、征讨大都督、都督十八州诸军事、加黄钺（胡三省注：当时晋的境内有扬、徐、南徐、兖、南兖、豫、南豫、青、冀、司、荆、江、雍、梁、益、宁、交、广十八州，司马元显全部都督，即使他真能诛杀桓玄，也必定会凌驾于君主之上而篡夺皇位），又任命镇北将军刘牢之为前锋都督，前将军谯王司马尚之为后部，于是大赦天下，改年号，内外戒严；加授会稽王司马道子为太傅。
司马元显想杀光桓氏。中护军桓修是骠骑长史王诞的外甥，王诞得到司马元显的宠信，于是陈述桓修等人与桓玄志趣不同，司马元显才停止。王诞是王导的曾孙。
张法顺对司马元显说：“桓谦兄弟常常是上流的耳目，应当杀了他们来杜绝奸谋。而且事情成功与否，取决于前锋，而刘牢之反复无常，万一有变，灾祸失败立刻到来，可以让刘牢之杀桓谦兄弟来表示没有二心，如果他不接受命令，应当预先对付他（胡三省注：逆为之所，在祸患未来之前先谋划，想杀刘牢之）。”司马元显说：“现在除了刘牢之，没人能对抗桓玄；而且刚开始就杀大将，人心不安。”张法顺再三劝说，司马元显最终不同意。（胡三省注：张法顺和司马元显再三说，最终认为不行）又因为桓氏世代被荆州人依附，桓冲特别有遗惠，而桓谦是桓冲的儿子，于是从骠骑司马任上任命为都督荆、益、宁、梁四州诸军事、荆州刺史，想以此笼络西方人的人心。
2丁丑（初八），后燕慕容拔攻打北魏令支的戍守，攻克，宿沓干逃走，抓获北魏辽西太守那颉（姓，胡三省注：《魏书·官氏志》，内入诸姓有那氏）。后燕任命慕容拔为幽州刺史，镇守令支，以中坚将军辽西人阳豪为本郡太守。丁亥（十八日），任命章武公慕容渊为尚书令，博陵公慕容虔为尚书左仆射，尚书王腾为右仆射。
3戊子（十九日），北魏材官将军和突攻打黜弗、素古延等部落，打败他们。当初，北魏主拓跋珪派遣北部大人贺狄干献一千匹马向秦国求婚，后秦王姚兴听说拓跋珪已立慕容后（胡三省注：立慕容后事见上卷隆安四年），留住贺狄干而拒绝通婚；没弈干、黜弗、素古延都是后秦的属国，而北魏攻打他们，因此后秦、北魏有了嫌隙。庚寅（二十一日），拓跋珪大规模检阅兵马，命令并州各郡在平阳的乾壁（今山西襄汾东南，胡三省注：魏收《地形志》，平阳禽昌县，是汉、晋的北屈，有乾城。隋并禽昌入襄陵。又据《姚兴载记》，乾壁就是乾城）积蓄粮食防备后秦。
柔然社仑正和后秦和睦，派遣将领救援黜弗、素古延；辛卯（二十二日），和突迎击，大败他们，社仑率领部落远逃漠北，夺取高车的土地居住。斛律部帅倍侯利攻击社仑，大败，倍侯利投奔北魏。社仑于是向西北攻击匈奴遗种日拔也稽，大败他们，于是吞并各部落，兵马繁盛，在北方称雄。其地西到焉耆（今新疆焉耆），东接朝鲜，南临大漠，旁边的小国都被羁縻臣服；自号豆代可汗（胡三省注：魏收《书》作“丘豆代”，魏语是驾驭开张的意思；杜佑说：可汗的称号始于柔然社仑，犹如皇帝；而拓跋氏的先祖，《通鉴》都书可汗，又在社仑之前）。开始建立制度，以一千人为军，军有将；一百人为幢，幢有帅（胡三省注：军将、幢帅都是北魏制度，社仑大概效仿建立）。攻战中先登的赐给俘虏，怯懦的用石头击首杀死。柔然为北魏的祸患从此开始。
4秃发傉檀攻克显美，抓获孟禕而责备他，因为他不早投降。孟禕说：“我受吕氏厚恩，持符节守土；如果明公大军刚到，望旗归附，恐怕会获罪于您。”秃发傉檀释放并礼遇他，迁徙二千多户后返回，任命孟禕为左司马。孟禕推辞说：“吕氏将亡，圣朝必定夺取河右，无论愚智都知道。但我为别人守城不能保全，又愧居显要职位，内心不安。如果蒙明公恩惠，能让我到姑臧受死，死也不朽。”秃发傉檀认为他有义气而放他回去。
5东方遭受孙恩之乱，接着又饥荒，漕运不继。桓玄阻断长江水路（胡三省注：有“商旅俱绝”四字），公私匮乏，用粗粮、橡实供给士兵（胡三省注：《博雅》说：粰是粥；又说：是鬻。又粰是谷皮，都相同。《说文解字》说：是栩实）。桓玄认为朝廷正多忧患，必定无暇讨伐自己，可以积蓄力量等待时机。等到大军将出发，堂兄太傅长史桓石生秘密送信告诉他；桓玄大惊，想集结兵力防守江陵。长史卞范之说：“明公的威望震慑远近，司马元显乳臭未干，刘牢大失人心，如果大军逼近京畿，示以祸福，土崩瓦解的形势指日可待，哪有引敌入境，自取困窘的呢！”桓玄听从，留下桓伟守江陵，上奏表传檄文，历数司马元显的罪状，举兵东下。檄文到，司马元显非常害怕。二月，丙午（初七），安帝在西池为司马元显饯行；司马元显上船却不出发（胡三省注：司马元显内心畏惧桓玄，所以下船而不出发）。
6癸丑（十四日），北魏常山王拓跋遵等到达高平，（胡三省注：去年十二月，北魏派遣拓跋遵等袭击高平，到这时才到达）没弈干抛弃部众，率领几千骑兵和刘勃勃逃奔秦州（治上邽，今甘肃天水）。北魏军追到瓦亭（今宁夏固原南），没追上而返回，缴获全部府库积蓄，四万多匹马，九万多头杂畜，迁徙其百姓到代都（今山西大同，胡三省注：北魏以平城为代都），其余种族分散逃亡。平阳太守贰尘又侵犯后秦河东（胡三省注：《姓谱》说：春秋时有贰、轸二国，后都为氏。贰尘的贰是胡姓），长安大震，关中各城白天关闭城门，后秦人挑选士兵训练，谋划讨伐北魏。
7后秦王姚兴立儿子姚泓为太子，大赦天下。姚泓孝顺友爱，宽和，喜好文学，善于谈咏，但懦弱多病；姚兴想立他为继承人，却犹豫不决，很久才立（胡三省注：为姚泓因懦弱亡秦埋下伏笔）。
8姑臧发生大饥荒，米一斗值五千钱，人吃人，饿死十多万人。城门白天关闭，打柴的路断绝，百姓请求出城当胡人的奴婢，每天有几百人，吕隆厌恶他们动摇人心，把他们全部活埋，尸体堆满道路。
沮渠蒙逊率兵攻打姑臧，吕隆派使者向河西王秃发利鹿孤求救。秃发利鹿孤派遣广武公秃发傉檀率领一万骑兵救援；还没到，吕隆打败沮渠蒙逊的军队。沮渠蒙逊请求和吕隆结盟，留下一万多斛谷后返回。秃发傉檀到昌松（今甘肃武威东南），听说沮渠蒙逊已退，于是迁徙凉泽段冢的五百多户百姓后返回（胡三省注：凉泽就是《禹贡》的猪野泽，在武威县东，也叫休屠泽）。
中散骑常侍张融对秃发利鹿孤说：“焦朗兄弟占据魏安，暗中勾结姚氏，多次反复，现在不攻取，以后必定成为朝廷的祸患。”秃发利鹿孤派秃发傉檀讨伐，焦朗反绑自己出城投降，秃发傉檀把他送到西平（今青海西宁），迁徙其百姓到乐都。
9桓玄从江陵出发，担心事情不能成功，常作西返的打算；等过了寻阳（今江西九江），没见到官军，非常高兴，将士的士气也振作起来（胡三省注：史书记载桓玄胆怯，刘牢之等不能依仗正义攻取他）。
庾楷的阴谋泄露，桓玄囚禁了他。
丁巳（十八日），下诏派遣齐王司马柔之拿着驺虞幡宣告荆、江二州，让他们罢兵；桓玄的前锋杀了他。司马柔之是司马宗的儿子。
丁卯（二十八日），桓玄到姑孰（今安徽当涂），派他的将领冯该等攻打历阳（今安徽和县，胡三省注：豫州刺史治历阳），襄城太守司马休之环城固守。桓玄的军队阻断洞浦（今安徽和县东南，胡三省注：洞浦就是洞口，是魏曹休打败吕范的地方），焚烧豫州的舰船。豫州刺史谯王司马尚之率领九千步兵在浦上列阵，派遣武都太守杨秋屯驻横江（今安徽和县东南长江渡口），杨秋投降桓玄的军队。司马尚之的部众溃散，逃到涂中（今安徽滁州一带），桓玄抓获他。司马休之出战失败，弃城逃走。
刘牢之一向厌恶骠骑大将军司马元显，怕桓玄被消灭后，司马元显更加骄横，又怕自己功名越大，不被司马元显容忍；而且自恃有才能武力，拥有强兵，想借助桓玄除去执政者，再等待桓玄的空隙而自己夺取政权，所以不肯讨伐桓玄。司马元显日夜昏醉，以刘牢之为前锋，刘牢之多次上门，都见不到，等到安帝出城为司马元显饯行，才在公众场合相遇。
刘牢之驻军溧洲（今江苏南京西南长江中。溧水出溧阳县，在建康东南；司马元显派刘牢之西上击桓玄，不是这条路。《晋书·刘牢之传》作“洌洲”。又，桓冲从建康出发，谢安送到溧洲。宋武陵王讨元凶刘劭，四月戊午到南州；辛酉驻溧洲；丙寅驻江宁。现在船从采石东下，没到三山，江中有洌山，就是洌洲。洌、溧声音相近，所以又为溧洲。张舜民说：过三山十多里到溧洲，从溧洲过白土矶入慈湖夹。舜民《郴行录》说的是逆流的先后水程）。参军刘请求攻击桓玄，刘牢之不允许。桓玄派刘牢之的族舅何穆劝刘牢之说：“自古以来，拥有震慑君主的威势，身负无法赏赐的功劳而能自保的，有谁呢？越国的文种，秦国的白起，汉朝的韩信，都侍奉明主，为他们尽力，功成之日，还不免被诛杀，何况为凶暴愚蠢的人所用呢！您如今战胜则宗族倾覆，战败则全族灭亡，想以此安身何处呢！不如改变主意，就能长保富贵。古人射钩、斩袪，还不妨碍成为辅佐（胡三省注：齐桓公与子纠争国，管仲射齐桓公中带钩；子纠死，齐桓公释放管仲的囚禁而以他为相。晋献公派寺人披在蒲城讨伐公子重耳，重耳翻墙而逃，披斩断他的衣袖；重耳回国，披多次进忠言），何况桓玄与您没有旧怨呢！”当时谯王司马尚之已经失败，人心更恐惧；刘牢之很采纳何穆的话，和桓玄勾结。东海中尉东海人何无忌是刘牢之的外甥，和刘极力劝谏，刘牢之不听。他的儿子骠骑从事中郎刘敬宣劝谏说：“现在国家衰危，天下的重任在您和桓玄，桓玄凭借父亲、叔父的资历（胡三省注：桓玄的父亲桓温，叔父桓冲），占据整个楚地，割占晋朝三分之二的领土，一旦放纵他让他欺凌朝廷，桓玄威望形成，恐怕难以对付，董卓之变，将在今天发生（胡三省注：董卓事见五十九卷汉灵帝中平六年、献帝初平元年）。”刘牢之发怒说：“我难道不知道！今天攻取桓玄易如反掌；但平定桓玄之后，让我怎么对付骠骑将军（司马元显）！”三月，乙巳朔（初一），刘牢之派刘敬宣到桓玄那里请求投降。桓玄暗中想杀刘牢之，却和刘敬宣宴饮，陈列名人书画一起观赏，来安抚取悦他；刘敬宣没有察觉，桓玄的属吏们互相看着偷笑。桓玄用白版任命刘敬宣为咨议参军（胡三省注：没有朝廷任命，用白版授予）。
司马元显将要出发，听说桓玄已到新亭（今江苏南京南），弃船，退屯国子学，辛未（十七日），在宣阳门（今江苏南京宣阳门）外列阵。军中互相惊扰，说桓玄已到南桁（今江苏南京朱雀桥），司马元显率兵想回宫。桓玄派人拔刀跟在后面大喊：“放下武器！”军人都溃散，司马元显乘马逃入东府（今江苏南京东），只有张法顺一个骑兵跟随。司马元显向司马道子问计，司马道子只是对着他哭。桓玄派太傅从事中郎毛泰收捕司马元显送到新亭，绑在船前数落他；司马元显说：“是被王诞、张法顺误导了。”
壬申（十八日），恢复隆安年号。安帝派侍中到安乐渚（今江苏南京西南）慰劳桓玄。桓玄进入京城，称诏解除戒严，任命桓玄总领朝政，为都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧、领徐、荆、江三州刺史，假黄钺（胡三省注：这时晋的领土全有荆、江、扬三州，徐州大多是侨郡，而京口是重镇，桓玄全部统领，完全控制晋朝；且将要夺取刘牢之的兵权，所以领徐州来控制）。桓玄任命桓伟为荆州刺史，桓谦为尚书左仆射，桓修为徐、兖二州刺史，桓石生为江州刺史，卞范之为丹阳尹（胡三省注：卞范之是桓玄的长史，主要谋士。丹阳是京城，所以让他为尹）。
当初，桓玄起兵，侍中王谧奉诏到桓玄那里，桓玄亲自以礼相待。等到桓玄辅政，任命王谧为中书令。王谧是王导的孙子。新安太守殷仲文是殷觊的弟弟（胡三省注：殷觊见一百九卷隆安元年），桓玄的姐姐是殷仲文的妻子。殷仲文听说桓玄攻克京城，弃郡投奔桓玄，桓玄任命他为咨议参军。刘迈去见桓玄，桓玄说：“你不怕死，还敢来？”刘迈说：“射钩、斩袪，再加上我刘迈就是三个。”桓玄高兴，任命他为参军（胡三省注：刘迈折辱桓玄事见一百八卷孝武帝太元十七年）。
癸酉（十九日），有关部门上奏会稽王司马道子酣饮放纵，不孝，应当弃市，下诏迁徙到安成郡（今江西安福，胡三省注：吴孙皓宝鼎二年，分豫章、长沙、庐陵设立安成郡，唐吉州安福县及袁州各县都是其地。刘昫说：安福县是吴安成郡治所）；在建康市斩司马元显及东海王司马彦璋（胡三省注：司马彦璋是司马元显的儿子，隆安初年，让他继承东海王）、谯王司马尚之、庾楷、张法顺、毛泰等。桓修为王诞坚决请求，得以流放到岭南。
桓玄任命刘牢之为会稽内史。刘牢之说：“刚开始，就夺我的兵权，祸患要来了。”刘敬宣请求回去劝刘牢之接受任命，桓玄派他去。刘敬宣劝刘牢之袭击桓玄，刘牢之犹豫不决，移驻班渎（今江苏南京北，胡三省注：班渎在新洲西南），私下告诉刘说：“现在将北到广陵（今江苏扬州）依靠高雅之，举兵匡扶国家，你能跟我去吗？”刘说：“将军率几万强兵，望风投降，他刚得志，威震天下，朝野人心都已离去，广陵怎么能到达呢！我将回京口（今江苏镇江）穿便服。”何无忌对刘说：“我将去哪里？”刘说：“我看镇北将军（刘牢之，胡三省注：刘牢之因讨孙恩功进号镇北将军）必定不免一死，你可随我回京口。桓玄如果恪守臣节，就和你侍奉他；不然，就和你图谋他。”（胡三省注：此时刘已有诛杀桓玄的心意）
于是刘牢之大规模召集僚属，商议占据江北讨伐桓玄，参军刘袭说：“最不可做的事莫过于反叛。将军往年反叛王兖州（王恭），近日反叛司马郎君（司马元显），现在又反叛桓公，一人三反，怎么自立！”说完，快步出去，属吏多逃散。刘牢之害怕，派刘敬宣到京口迎接家人，超过约定时间没到。刘牢之以为事情已泄露，被桓玄所杀，于是率领部曲北逃，到新洲，自缢而死。刘敬宣到后，来不及哭，就渡江投奔广陵。将领官吏一起收殓刘牢之，把他的灵柩送回丹徒（今江苏镇江东）。桓玄命令劈开棺材，斩下首级，暴尸街市。
10大赦天下，改年号为大亨。
11桓玄辞让丞相、荆、江、徐三州（胡三省注：桓玄已让他的兄弟统领荆、江、徐三州，且已得建康，掌握朝政，不再看重丞相之位，所以全部辞让），改授太尉、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史，总领朝政；任命琅邪王司马德文为太宰。
12司马休之、刘敬宣、高雅之都逃到洛阳，各自以子弟为人质到后秦求救。后秦王姚兴给他们符信，让他们在关东募兵，有几千人，又返回屯驻彭城（今江苏徐州）一带。
13孙恩侵犯临海（今浙江临海），临海太守辛景打败他，孙恩所掳掠的三吴男女，死亡殆尽。孙恩怕被官军抓获，于是投海而死，他的党羽和妓妾跟随死的有几百人，称为“水仙”。其余部众几千人又推举孙恩的妹夫卢循为主。卢循是卢谌的曾孙（胡三省注：卢谌是卢志的儿子，起初跟随刘琨，刘琨死后，在段氏处做官，段辽失败后，在赵做官）。卢循神采清秀，有才华技艺。年轻时，僧人惠远曾对他说：“你虽然外表有风度，而内心图谋不轨，怎么办？”太尉桓玄想安抚东方，于是任命卢循为永嘉太守（今浙江温州，胡三省注：明帝太宁元年，分临海设立永嘉郡，即今天的温州）。卢循虽然接受任命，但仍然不断寇掠（胡三省注：卢循的事情从此开始）。
14甲戌（二十日），后燕大赦天下。
15河西王秃发利鹿孤病重，遗嘱把国事交给弟弟秃发傉檀。当初，秃发思复鞬喜爱器重秃发傉檀，对儿子们说：“秃发傉檀的才能见识，不是你们能比得上的，”所以哥哥们不把王位传给儿子而传给弟弟（胡三省注：吴寿梦因为小儿子季札贤能，所以他的儿子们兄弟相传，想按次序把国家传给季札，而季札最终不接受。秃发乌孤、利鹿孤把国家交给秃发傉檀，犹如吴的做法，岂知国家亡在秃发傉檀手中！）。秃发利鹿孤在位时，垂衣拱手无所作为（胡三省注：垂拱指垂衣拱手无所作为），军国大事都委托给秃发傉檀。秃发利鹿孤去世，秃发傉檀继位，改称凉王（胡三省注：从此史称秃发氏为南凉），改年号为弘昌，迁都到乐都，追谥秃发利鹿孤为康王。
16夏季，四月，太尉桓玄出屯姑孰，辞让录尚书事，下诏允许；但大政都去咨询他，小事则由尚书令桓谦及卞范之决定。
自隆安以来，朝廷内外的人都厌倦了祸乱。等到桓玄刚到，罢黜奸佞，提拔贤才，京城的人很高兴，希望能稍得安宁。不久桓玄奢侈放纵，政令无常，朋党兴起，欺凌朝廷，削减皇帝的供奉物品，安帝几乎不免饥寒，因此众人失望。三吴发生大饥荒，户口减半，会稽减少十分之三四，临海、永嘉几乎死尽，富户都穿着绫罗绸缎，怀揣金玉，闭门相守而饿死（胡三省注：这固然是上面的人施政失误导致的，而人口减少、物资耗尽，也是天地的大数。“周余黎民，靡有孑遗”；由此看来，或许有这种事）。
17乞伏炽磐从西平逃回苑川（胡三省注：乞伏乾归送乞伏炽磐到西平，见上卷隆安四年），南凉王秃发傉檀归还他的妻子儿女。乞伏乾归派乞伏炽磐到后秦入朝，后秦王姚兴任命乞伏炽磐为兴晋太守（今青海民和附近）。
18五月，卢循从临海进入东阳（今浙江金华），太尉桓玄派遣抚军中兵参军刘率兵攻击，卢循失败，逃到永嘉。
19高句丽攻打宿军（今辽宁北镇，胡三省注：宿军城在龙城东），后燕平州刺史慕容归弃城逃走（胡三省注：北燕平州刺史治宿军）。
20后秦王姚兴大规模发兵，派遣义阳公姚平、尚书右仆射狄伯支等率领四万步兵骑兵讨伐北魏，姚兴亲自率大军随后，以尚书令姚晃辅佐太子姚泓守长安，没弈干临时镇守上邽（今甘肃天水），广陵公姚钦临时镇守洛阳（今河南洛阳）。姚平攻打北魏的乾壁六十多天，攻克。秋季，七月，北魏主拓跋珪派遣毗陵王拓跋顺及豫州刺史长孙肥率领六万骑兵为前锋，亲自率大军随后出发攻击。
21八月，太尉桓玄暗示朝廷因他平定司马元显的功劳封他为豫章公，平定殷仲堪、杨佺期的功劳封他为桂阳公，连同原来的南郡公封号不变。桓玄以豫章封他的儿子桓昇，桂阳封他的侄子桓俊。
22北魏主拓跋珪到永安（今山西霍州，胡三省注：永安本是汉的彘县，属河东郡，顺帝改叫永安；晋属平阳郡；隋、唐晋州的霍邑县本是永安县。郦道元说：永安是故霍伯的都城，县有霍太山）。后秦义阳公姚平派遣骁将率领二百精锐骑兵侦察北魏军，长孙肥迎击，全部擒获。姚平退走，拓跋珪追击，乙巳（初九），在柴壁（今山西襄汾西南）追上；姚平环城固守，北魏军包围。后秦王姚兴率领四万七千士兵救援，准备占据天渡运粮给姚平（胡三省注：柴壁在汾东，天渡大概是汾津的名称，在汾水西岸）。北魏博士李先说：“兵法说：高处被敌人占据，深处被敌人围困。现在后秦都犯了，应趁姚兴没到，派奇兵先占据天渡，柴壁可以不战而取。”拓跋珪命令增筑重围，对内防止姚平突围，对外抵抗姚兴进入。广武将军安同说：“汾东有蒙阬，东西三百多里，小路不通。姚兴来，必定从汾西直逼柴壁，这样，敌人声势相接，重围虽固，不能控制；不如造浮桥，渡到汾西，筑营垒抵抗，敌人到后，无法施展智谋力量。”拓跋珪听从。姚兴到蒲阪，畏惧北魏的强大，很久才进兵。甲子（二十八日），拓跋珪率领三万步兵骑兵在蒙阬以南迎击姚兴，斩首一千多级，姚兴退走四十多里，姚平也不敢出战。拓跋珪于是分兵占据险要，使后秦军不能靠近柴壁。姚兴屯驻汾西，凭借沟壑筑垒，捆扎柏木从汾水上游放下，想以此毁坏浮桥，北魏人都钩取作为柴薪（胡三省注：粗的叫薪，细的叫蒸）。
冬季，十月，姚平粮尽箭绝，夜里，率领全部部众从西南突围；姚兴在汾西列兵，举烽火鼓噪响应。姚兴想让姚平奋力突围，姚平望见姚兴攻打包围来接应，只是呼喊相应，不敢逼近包围。姚平不能突围，无计可施，于是率领部下投水而死，各将多跟随姚平投水；拓跋珪派善于游泳的人钩捕，没有幸免的。抓获狄伯支及越骑校尉唐小方等四十多人，其余二万部众都束手就擒。姚兴眼睁睁看着他们陷入绝境，无力救援，全军痛哭，声震山谷。多次派使者向北魏求和，拓跋珪不允许，乘胜进攻蒲阪，后秦晋公姚绪固守不战。正好柔然谋划讨伐北魏，拓跋珪听说，戊申（十三日），率兵返回。
有人告发太史令晁崇及弟弟黄门侍郎晁懿暗中召后秦军，拓跋珪到晋阳（今山西太原），赐晁崇、晁懿死。
23后秦迁徙河西豪门大户一万多户到长安（今陕西西安）。
24太尉桓玄杀吴兴太守高素、将军竺谦之及竺谦之的堂兄竺朗之、刘袭及刘袭的弟弟刘季武，都是刘牢之的北府旧将。刘袭的哥哥冀州刺史刘轨邀请司马休之、刘敬宣、高雅之等共同占据山阳（今江苏淮安，胡三省注：沈约说：山阳县本是射阳县境的地名，义熙土断时，才分广陵郡设立山阳郡及山阳县。唐的楚州就是其地），想起兵攻打桓玄，不能成功而逃走。将军袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭等都去跟随，将投奔北魏；到陈留（今河南开封东南）南，分为两批：刘轨、司马休之、刘敬宣投奔南燕，袁虔之、刘寿、高长庆、郭恭投奔后秦。
北魏主拓跋珪起初听说司马休之等要来，非常高兴。后来奇怪他们不到，命令兖州寻找（胡三省注：隆安五年，北魏以长孙肥为兖州刺史，向南攻城略地，但未能占有兖州），抓获他们的随从，问原因，都说：“魏朝威望远扬，所以司马休之等都想归附；后来听说崔逞被杀（胡三省注：崔逞死见上卷三年），所以投奔两国。”拓跋珪非常后悔，从此士人有过失，多被宽容。
25南凉王秃发傉檀在姑臧攻打吕隆。
26后燕王慕容熙娶已故中山尹苻谟的两个女儿，长女叫娀娥，为贵人，小女叫训英，为贵嫔，贵嫔尤其受宠。丁太后怨恨，和侄子尚书丁信谋划废黜慕容熙立章武公慕容渊；事情败露，慕容熙逼迫丁太后自杀，以皇后礼仪安葬，谥号为献幽皇后（胡三省注：丁太后一向和慕容熙私通，事见上年）。十一月，戊辰（初三），杀慕容渊及丁信。
辛未（初六），慕容熙在北原（今辽宁朝阳北）打猎，石城令（胡三省注：石城县，汉属北平郡，燕属建德郡）高和与尚方兵在后面作乱，杀司隶校尉张显，入宫抢掠宫殿，夺取府库兵器，胁迫军营官署，闭门登城。慕容熙驰回，城上人都放下武器开门，杀光反叛的人，只有高和逃脱。甲戌（初九），大赦天下。
27北魏任命庾岳为司空。
28十二月，辛亥（十七日），北魏主拓跋珪返回云中（今内蒙古托克托东北）。
柔然可汗社仑听说拓跋珪讨伐后秦，从参合陂（今内蒙古凉城东北）侵犯北魏，到豺山（今山西右玉北，胡三省注：豺山在善无县北，魏天兴六年，在此筑宫）及善无北泽，北魏常山王拓跋遵率领一万骑兵追击，没追上而返回。
29太尉桓玄派御史杜林防卫会稽文孝王司马道子到安成，杜林秉承桓玄的旨意，用毒酒杀了司马道子。
30沮渠蒙逊所任命的西郡太守梁中庸反叛，投奔西凉。沮渠蒙逊听说，笑着说：“我对待梁中庸，恩情如同骨肉，而梁中庸不信任我，只是自负罢了，我难道就在于这一个人吗！”于是全部归还他的家属。
西凉公李暠问梁中庸说：“我和索嗣相比怎么样？”梁中庸说：“不能估量。”李暠说：“索嗣的才能如果和我相当，我怎么能在千里之外用长绳绞他的脖子呢？”（胡三省注：索嗣死见上卷四年）梁中庸说：“智有短长，命有成败。殿下与索嗣，得失的道理，我实在不能详细知道。如果以身死为负，以计谋成功为胜，那么公孙瓒难道比刘虞贤能吗？”（胡三省注：公孙瓒、刘虞事见六十卷汉献帝初平四年）李暠沉默不语。
31袁虔之等到长安，后秦王姚兴问：“桓玄的才能谋略和他父亲相比怎么样？最终能成功吗？”袁虔之说：“桓玄乘晋室衰乱，窃取宰相之位，猜忌残忍，刑赏不公，在我看来，远不如他的父亲。桓玄现在已掌握大权，势必会篡逆，正好可以为别人扫清障碍。”姚兴认为对，任命袁虔之为广州刺史（胡三省注：后秦以广州授袁虔之，是用名位宠信他）。
32这一年，后秦王姚兴立昭仪张氏为皇后，封儿子姚懿、姚弼、姚洸、姚宣、姚谌、姚愔、姚璞、姚质、姚逵、姚裕、姚国儿都为公，派遣使者任命秃发傉檀为车骑将军、广武公，沮渠蒙逊为镇西将军、沙州刺史、西海侯，李暠为安西将军、高昌侯。
后秦镇远将军赵曜率领二万部众向西屯驻金城（今甘肃兰州西北），建节将军王松怱率领骑兵帮助吕隆守姑臧。王松怱到魏安（今甘肃古浪东），秃发傉檀的弟弟秃发文真攻击并俘虏了他。秃发傉檀大怒，送王松怱回长安，深刻谢罪（胡三省注：史书记载河、湟各国都畏惧姚秦的强大）。