时间在煎熬中又过去了十余日。明军营中的疫情在采取了严格的隔离和卫生措施，并大量使用土着提供的几种草药后，虽然未能根除，但蔓延的势头总算被勉强遏制住，每日新增病患数量开始下降。这无疑给焦头烂额的明军将领们注入了一剂强心针。
然而，热兰遮城依旧如同沉默的巨石，挡在面前。持续不断的炮击虽在其墙体上留下了累累弹痕，却始终未能打开决定性的缺口。强攻的代价无人愿意承受，而单纯围困，对方似乎还能坚持更久。
就在郑芝龙几乎要考虑是否冒险组织一次大规模夜袭时，一个意外的契机出现了。
一名前来投诚的、原荷兰东印度公司的汉人奴工，提供了一个至关重要的信息：他曾参与过城堡早期的一些辅助修建工作，隐约记得，在城堡西北角外侧约百步的一片红树林下，土质似乎较为松软，而且那个方向，恰好是城堡主炮火力覆盖的一个相对薄弱区域。
这个信息，让郑芝龙想起陛下朱由校偶尔提及的，攻城时可借鉴“穴攻”之法，尤其是对付坚固城垣时，挖掘地道至城墙下，然后用火药爆破，往往能收到奇效。
一个大胆的计划迅速在他脑中成型。
“挖掘地道？”当郑芝龙召集众将提出此议时，不少人面露惊疑。
“军门，此地近海，地下水丰沛，挖掘地道恐不易成，且有坍塌之险。”一位工兵出身的将领提出质疑。
“再者，挖掘动静不小，如何瞒过城头守军？”另一人也表示担忧。
郑芝龙显然已深思熟虑：“正因为近海，土质或许更易挖掘。选址在西北角红树林，可借林木遮掩，夜间动工，白天覆盖伪装。至于地下水，可多用木板支撑，并预备抽水器具。此事，需调集军中最善土木作业者，尤其是曾有矿工经历之人，由他们主导。”
他目光扫过众人，语气决绝：“强攻伤亡太大，久围疫病难防，此地道之法，或是我军破局之唯一希望！纵然艰险，亦需一试！”
见主帅决心已定，众将也不再反对。很快，一支由两百余名经验丰富的矿工、工兵组成的特殊队伍被秘密组建起来，他们大多来自内陆矿区和善于筑城的部队。工具被连夜准备妥当，主要是短柄镐、锹、箩筐，以及大量的支撑木料和防水油布。
行动在下一个夜幕降临时悄然开始。选址地点被严密封锁，参与挖掘的士卒被告知严格保密。工兵们先是小心翼翼地清理开红树林下的表层植被和根系，然后向下挖掘。果然如那投诚者所言，此处的土质比预想的要松软些，但渗水问题也很快出现，挖掘不得不与排水同步进行。
挖掘工作极其艰苦且充满危险。士卒们轮流下到狭窄、潮湿、闷热的地道中，借着微弱的气死风灯光，一镐一镐地刨土，一筐一筐地将泥土运出。支撑木被不断打入，以防止塌方。进度缓慢，每天只能向前推进数丈。
为了掩护地道的挖掘，郑芝龙下令其他方向的明军加强了对城堡的骚扰性攻击和炮击，尤其是在白天，吸引守军的注意力。
然而，世上没有不透风的墙。尽管明军尽力掩饰，但持续的人员物资调动，以及夜间隐约的声响，还是引起了热兰遮城内经验丰富的守军的怀疑。
揆一总督在接到报告，称夜间偶尔能听到城外特定方向传来沉闷的异响，且观察到明军在该区域活动异常后，立刻警觉起来。他本身就是工程师出身，瞬间就想到了地道爆破的可能性。
“这些明国人，竟然想用这种古老的方法！”揆一又惊又怒，他深知棱堡虽然对地面攻击防御极强，但对来自地下的爆破却异常脆弱。“绝不能让他们得逞！”
他立刻下令：“组织几支精干的小队，配备手榴弹和火枪，夜间择机出城，袭击明军可能挖掘地道的区域！同时，命令城内，立刻在城墙内侧，尤其是西北角方向，挖掘深壕，埋设大缸，派耳力灵敏之士日夜监听地下动静！（此为古代防范地道战的常用方法）”
攻防的焦点，瞬间从城墙之上，转移到了黑暗的地下。
明军的挖掘队很快便感受到了压力。一夜，正当工兵们奋力向前挖掘时，地道上方突然传来剧烈的爆炸声和密集的枪声！一股荷兰人的突击队，不知如何摸到了附近，试图破坏地道口！
守护在地道口的明军精锐立刻与荷兰突击队展开了激烈的交火。漆黑的夜里，火光闪烁，枪声、爆炸声、喊杀声打破了短暂的宁静。
地道内的工兵们听到了上面的厮杀声，心中俱是一紧，但没有人退缩。带队的工兵把总嘶哑着嗓子吼道：“别管上面！加快速度！挖！继续挖！只要我们挖到城墙下，就是胜利！”
他们知道，自己每多挖一寸，攻破这座坚城的希望就大一分。地面上，双方围绕着这关系胜负的关键点，展开了殊死的争夺。地下的黑暗与泥泞中，一场与时间赛跑的死亡挖掘，仍在继续。