《大明律》的颁布，如同在平静的湖面投下巨石，涟漪尚未平息，韩非的第二波制度变革浪潮已汹涌而来。这一次，他的目标是延续千年的官僚体系核心——军政不分，司法依附。
承运殿内，气氛比讨论《大明律》时更加凝重。当韩非提出欲设立独立的“武院”与“法院”体系时，可谓一石激起千层浪。
“陛下！万万不可啊！”一位资历颇深的文官率先出列，痛心疾首，“自古文武之道，一张一弛，然皆统归于朝廷，归于陛下！若另设武院掌军令，法院司审判，则兵部、刑部、大理寺何以自处？此乃肢解朝廷，动摇国本啊！”
一位戎装老将也眉头紧锁：“陛下，军中儿郎只知听令杀敌，若搞什么武院，派些不懂打仗的文人来指手画脚，岂不是自缚手脚？再说，军法如山，自有一套规矩，何须法院再来插手？”
就连殷天正也面露忧色：“教主……陛下，军政分离，司法独立，理念虽好，然骤然施行，恐令出多门，反生混乱。”
面对潮水般的质疑，韩非神色不变，目光平静地扫过众人：“诸位爱卿所虑，无非‘权责’二字。朕问你们，昔日军中将领，既掌兵符，又可干预地方政务，甚至私设刑堂，此等局面，是利于国家长治久安，还是易于滋生军阀割据？”
他又看向文官集团：“刑部审案，须看上官脸色，地方判案，常为豪强左右，此等司法，可能真正做到《大明律》所言之‘公正’？”
“朕设立武院与法院，非为分权，实为明责！”韩非声音铿锵，带着不容置疑的决断，“武院，非是文人掌军，而是专司军官选拔、考核、晋升、军令传递、战略规划、军械研发！使统兵者专司打仗，使治军者专司管理！军队，乃国家之军队，非将领之私兵！此谓‘军队国家化’！”
“法院，独立于行政体系之外，自上而下，自成系统！地方官员，无权干涉法官审案！法官只对法律与事实负责，不对上官负责！此谓‘司法独立化’！唯有如此，《大明律》才能真正成为活的律法，而非一纸空文！”
他这番论述，清晰地将军事指挥权、军官管理权与司法审判权从传统的官僚体系中剥离出来，意图构建一个更加专业化、制衡化的国家机器。
周颠在下面听得头晕，捅了捅旁边的说不得和尚：“和尚，俺咋越听越糊涂了？当兵的就只管打架，当官的就只管断案，那……那咱们以后干啥？”
说不得和尚低声道：“布袋和尚我觉得，陛下意思是，专业的人干专业的事，以后打架……作战更厉害，断案也更公道。”
常遇春倒是听得两眼放光，对庄铮道：“老庄，这主意不错啊！以后俺就专心带兵砍人……不，打仗！不用操心那些乱七八糟的粮草文书破事了！爽快！”
庄铮却想得更深，低声道：“只怕……没那么简单。军官晋升考核都归了武院，咱们这些老兄弟……”
朝堂上争论激烈，但韩非决心已定。凭借其无上权威与刚刚颁布的《大明律》作为依据，改革诏书最终还是颁行天下。
大明武院，总部设于金陵，由韩非亲任名誉院长，殷天正出任首任督院（实际负责人），下设诸科，从识图用料到兵法韬略，从军规军纪到《武德与法理》（韩非亲撰教材），系统培养军官。所有现有军官，必须分批入武院进修，考核合格方能继续任职。同时，武院还负责制定全军训练大纲、装备标准，并直接向皇帝负责的枢密院（由韩非直接掌控）传递军令，兵部则转为负责征兵、后勤等行政事务。
大明法院，总部亦设于金陵，由铁面无私的冷谦出任首任大法官，在全国各州府县设立垂直管理的分院、法庭。法官选拔注重律法专业素养，独立审案，不受地方行政长官干涉。并设立专门的“宪兵司”隶属于法院，负责监督军队是否违反《大明律》及《兵律》。
新政推行，阻力巨大。武院首批将官进修班开课那天，场面堪称诡异。一群杀人如麻的悍将，憋屈地坐在课桌前，听着文质彬彬的教官讲解“力学的杠杆原理在攻城中的应用”以及“《大明律》中关于战时保护平民的条款”。
周颠听得昏昏欲睡，忍不住嘟囔：“老子砍了一辈子人，还要学这鸟什子杠杆？”
他旁边一位原先是江湖大盗出身的将领更是小声骂娘：“保护平民？以前抢……征粮的时候可没这规矩！”
常遇春虽然也觉得头大，但想到这是韩非的命令，还是瞪着眼睛努力去听，只是那抓耳挠腮的样子，活像只被念了紧箍咒的猴子。
相比之下，法院的推行更是触动了无数人的奶酪。一些地方官员发现自己再也不能随意插手案件判决，豪强们发现无法再用银子或权势影响司法，怨声载道，阳奉阴违者甚众。
甚至发生了这样一桩闹剧：某地一名立有战功的退役老兵，因与人斗殴被当地法法庭传唤。他自恃功勋，闯入公堂，对着年轻的主审法官拍桌子怒吼：“老子在战场上砍鞑子的时候，你他娘的还在穿开裆裤呢！敢审我？”
那年轻法官虽有些紧张，却牢记《大明律》与法院独立之原则，面无惧色，一拍惊堂木：“公堂之上，只论律法，不论功勋！你既触犯《刑律》，咆哮公堂，罪加一等！来人，押下去，依律处置！”
那老兵傻眼了，他身后的老兄弟们也懵了，这世界，好像真的不一样了。
消息传回金陵，韩非对此事大加赞赏，亲自嘉奖了那名年轻法官，并以此为例，严申司法独立之权威，绝不容侵犯。
渐渐地，在韩非的强力推动和不断完善的制度保障下，“武院”与“法院”这两个新生事物开始艰难地扎根、运作。军队的纪律性和专业性在潜移默化中提升，而司法的公正性也开始一点点赢得民心。
虽然过程中充满了磨合、冲突与笑话，但一个军政分离、司法独立的雏形，已然在这古老的帝国中，破土而出。韩非以他超越时代的眼光与铁腕，硬生生在这千年官僚体系的厚壁上，凿开了两道全新的窗口。
阳光，正透过这窗口，艰难而坚定地照射进来。