“仰望星空”引发的宇宙观之争，在林牧之“搁置争议、鼓励研究”的睿智裁决下，暂时得以平息。然而，这仅仅是“基石计划”和自然哲学研究院所面临挑战的冰山一角。当林烁等年轻学者满怀激情地投入到更深层次的基础理论研究时，他们很快发现，横亘在面前的，不仅仅是思想观念的壁垒，更有资源匮乏、成果难显、社会认同度低等现实而严峻的困境。一场源于研究院内部、关乎基础科学存续与价值的 “呐喊” ，在巨大的压力下，不可避免地爆发了。
研究院成立半年后，一个阴雨连绵的下午。位于格致学院僻静一角的研究院小楼内，气氛低沉得如同窗外的天气。实验室里，仪器简陋；书房内，演算的草稿堆积如山，却难以得出令人振奋的结论。经费审批变得异常缓慢，户部官员对“看不见摸不着”的理论研究总是充满疑虑。更令人沮丧的是，外界甚至朝中部分官员，开始流传起嘲讽的言论，称研究院是“养着一群空谈玄理、耗费公帑的闲人”，远不如工造司铸造一门新炮或药石司研制一味新药来得实在。
这种无形的压力，让研究院内的年轻学者们倍感压抑和迷茫。他们怀揣着探索真理的热情而来，却发现自己仿佛置身于孤岛，辛勤的工作得不到理解，价值受到质疑。
这一日，研究院数学部的几位骨干，围坐在一盏昏暗的油灯下，面对着一道关于曲面几何的难题，已经苦思冥想了数日，进展甚微。疲惫和挫折感交织在一起。一位名叫陆明远的年轻算学博士，终于忍不住将手中的炭笔重重拍在桌上，发出了一声沉闷的响声。
“诸位！”陆明远的声音带着一丝沙哑和激动，“我们在此耗费心血，演算这些虚无缥缈的图形符号，究竟有何意义？外面的人说我们是‘无用书生’，甚至连户部拨付的灯油钱都要克扣！看看工造司的‘盘龙五号’蒸汽机，即将正式下水，万众瞩目；药石司的新磺胺衍生物，又救治了无数边军伤兵。而我们呢？我们的成果在哪里？难道基础科学，就注定是这般寂寞、清贫，不为人知吗？”
他的话，如同投入静水中的石子，激起了众人心中的波澜。另一位学者也叹气道：“明远兄所言极是。陈院长（陈烁）为我们争取了这片天地，陛下也寄予厚望。可……可理论突破何其艰难！往往耗费数年，可能一无所获。长此以往，如何向朝廷交代？如何面对外面的风言风语？”
悲观和自我怀疑的情绪在房间里蔓延。就连一向坚韧的林烁，此刻也紧锁眉头，望着窗外连绵的雨丝，沉默不语。他脑海中回荡着周天仪等人的质疑，以及现实中遇到的种种困难。难道追求本源之理，真的错了？
就在这时，研究院的院正陈烁，身披一件半旧的官袍，冒着细雨悄然走了进来。他显然听到了刚才的议论，脸上没有责备，而是带着深切的理解和一丝不易察觉的疲惫。
他没有立刻说话，而是走到桌边，拿起陆明远拍在桌上的炭笔，又看了看铺满桌面的演算草稿，目光扫过每一张年轻而焦虑的脸。
“觉得委屈了？觉得前路迷茫了？”陈烁的声音平和，却带着一种力量。
陆明远低下头：“院长，非是晚辈畏难，只是……只是觉得憋屈。我们的工作，似乎……似乎无人需要。”
陈烁轻轻放下炭笔，走到窗前，指着窗外雨幕中隐约可见的格致学院主楼，以及更远处工造司高耸的烟囱。“你们看，”他缓缓说道，“主楼里的学子，在学习经史子集，明理修身，那是立人之本。工造司的工匠，在锻造利器，创造财富，那是强国之器。而你们，”他转过身，目光灼灼地看向在场的每一位学者，“你们在做什么？你们在探索支撑这‘本’与‘器’的‘道’！是万物运行之规律！”
他走到那块画满曲面几何符号的石板前，手指重重地点在上面：“明远，你可知，你现在演算的这看似无用的曲线方程，未来或许能帮助工造司设计出阻力更小的船体，让我寒川巨舰航速更快！林烁追寻的星空轨迹，未来或能让我水师在茫茫大海上定位丝毫不差！你们现在解不开的难题，或许正是下一代更强大机械、更精准仪器的钥匙！”
陈烁的语气激动起来：“工造司的每一处改进，药石司的每一次突破，其背后，都离不开最基础的数据测量、物质特性分析、数学计算！ 没有你们夯实的基础，应用科技便是无源之水，终将枯竭！奥伦特为何强大？不仅仅因其船坚炮利，更因其在算学、格物原理上数百年的积累！我寒川若只想模仿，不想超越，终将受制于人！”
他环视众人，声音沉痛而恳切：“我知道你们难！理论研究的冷板凳，不好坐！要耐得住寂寞，顶得住压力！但你们要记住，你们今日之呐喊，非为个人荣辱，而是为寒川科技之未来发声！是为那尚未诞生的、更伟大之应用，奠定不可动摇之基石！ 这份功业，或许不显于当下，但必将彪炳于千秋！”
陈烁的这番话，如同一股暖流，注入年轻学者们冰凉的心田。陆明远抬起头，眼中重新燃起了光芒。林烁紧握的拳头也缓缓松开，目光变得坚定。
“院长，我们明白了！”林烁站起身，声音铿锵，“基础科学，乃‘于无声处听惊雷’！纵使世人今日不解，我辈亦当砥砺前行！”
“对！我们不能放弃！”其他学者也纷纷振作起来。
然而，陈烁知道，仅靠精神鼓舞是远远不够的。必须让朝廷，让陛下，听到这“基础科学的呐喊”，并给予实质性的支持。他决定做一次冒险的进言。
数日后，在一次例行御前会议上，讨论完水师扩建和边境贸易等实务后，陈烁出列，他没有呈上任何关于新武器或新产品的奏报，而是恭敬地献上了一本装帧朴素的册子——《自然哲学研究院半年度研究纪要》。
王玄策接过册子，粗略翻阅，里面满是复杂的图形符号和推演过程，并无具体成果展示，不禁微微蹙眉：“陈大人，此为何意？研究院半年所耗经费不少，为何不见实效？”
陈烁深吸一口气，坦然应对：“王相，此册之中，确实尚无可以立刻装备水师或药石司的‘实效’。然，其中所载，乃是对热力循环效率之数学分析、对光学透镜成像之原理探究、对新型合金强度之理论推算。这些工作，如同为高楼挖掘地基，为远航绘制海图，看似无形，实则决定着未来楼宇之高、航程之远！”
他转向林牧之，慷慨陈词：“陛下！工造司铸一炮，易；药石司制一药，亦易。然，欲造出领先一代、令敌无法仿制之炮，研制出根治顽疾、活人无数之药，则非有深厚理论根基不可！此根基，正由研究院之同仁，于青灯黄卷之下，呕心沥血构筑！臣恳请陛下与诸公，勿以一时之‘无用’，断送万世之‘大用’！ 给基础科学以时间，给探索者以信任！”
陈烁的直言进谏，在朝堂上引起了一阵窃窃私语。有官员认为其言过其实，有官员则为之动容。
林牧之静静地听着，目光落在陈烁因激动而微微泛红的脸上，又扫过那本看似“无用”的研究纪要。他想起林烁对星空的执着，想起“基石计划”启动时的雄心，也想起奥伦特使团带来的那份深不可测的底蕴。
良久，林牧之缓缓开口，声音不大，却清晰地传遍大殿：“陈爱卿之言，如暮鼓晨钟，发人深省。”
他站起身，走到御阶前，环视群臣：“诸卿可知，昔日鲁班造木鸢，飞三日而不落，其技可谓神乎？然为何其术失传？盖因重技轻理，知其然不知其所以然也！”
“朕设立研究院，非为急功近利，乃为寒川百年计，千年计！”他的声音陡然提高，“今日研究院所究之‘无用’之学，或许正是明日我寒川克敌制胜、福泽万民之关键！传朕旨意：”
“一、即日起，自然哲学研究院之经费，由朕之内帑与户部共担，列为专项，不得克扣，并建立长期稳定之投入机制。”
“二、对研究院之考评，不以短期实用成果为准绳，而以理论创新深度、学术价值高低为尺度。 允许失败，鼓励探索。”
“三、擢升陈烁兼任‘帝国首席科学顾问’，研究院之重要进展，可直奏于朕。”
“四、命翰林院牵头，组织文笔之士，将基础科学之意义，着书立说，广为宣传，使朝野知晓其‘无用之大用’！”
这道旨意，如同春风化雨，极大地鼓舞了研究院的士气，也为寒川基础科学的发展提供了坚实的制度保障。陈烁的“呐喊”，终于得到了最高统治者的回应和理解。
消息传回研究院，年轻学者们欢呼雀跃。林烁对众人说：“陛下圣明！吾辈更当奋力前行，以实实在在的突破，回报陛下知遇之恩，证明基础科学之价值！”
“基础科学的呐喊”，至此并未停息，而是转化为更加沉稳、坚定的探索步伐。它标志着寒川的科技事业，在追求实用效率的同时，开始真正重视那深藏于表象之下的、支撑一切创新的理论源泉。这条道路依然漫长而艰辛，但希望的曙光已经显现。寒川的科技之树，因其根系的不断深扎，而愈发显得枝繁叶茂，生机勃勃。